Des élections parlementaires ont eu lieu en Estonie le 7 mars 1999. Les élections se sont avérées désastreuses pour le Parti de la coalition estonienne au pouvoir , qui n'a remporté que sept sièges avec deux de ses plus petits alliés. Après les élections, un gouvernement de coalition a été formé par Mart Laar de l' Union Pro Patria , comprenant le Parti réformiste et les modérés . Il est resté au pouvoir jusqu'à la démission de Laar en décembre 2001, après que le Parti réformiste eut quitté la même coalition gouvernementale dans la municipalité de Tallinn , faisant du chef de l'opposition Edgar Savisaar le nouveau maire de Tallinn. Le Parti de la réforme et le Parti du centre estonien ont alors formé un gouvernement de coalition qui a duré jusqu'aux élections de 2003 .
Le seuil était de 5% du vote national. Les cartels électoraux n'étaient plus autorisés, mais cela n'empêchait pas un parti d'inclure des membres d'un autre parti dans sa liste.
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