Analyse de la variance moléculaire - Analysis of molecular variance

L'analyse de la variance moléculaire ( AMOVA ), est un modèle statistique de l'algorithme moléculaire dans une seule espèce , généralement biologique . Le nom et le modèle sont inspirés d' ANOVA . La méthode a été développée par Laurent Excoffier , Peter Smouse et Joseph Quattro à l'Université Rutgers en 1992.

Depuis le développement d'AMOVA, Excoffier a écrit un programme pour exécuter de telles analyses. Ce programme, qui fonctionne sous Windows , s'appelle Arlequin et est disponible gratuitement sur le site Web d'Excoffier. Il existe également des implémentations en langage R dans les packages ade4 et pegas, tous deux disponibles sur CRAN (Comprehensive R Archive Network). Une autre implémentation est dans Info-Gen , qui fonctionne également sous Windows . La version étudiante est gratuite et entièrement fonctionnelle. La langue maternelle de l'application est l'espagnol mais une version anglaise est également disponible.

Un progiciel statistique gratuit supplémentaire, GenAlEx, est destiné à l'enseignement ainsi qu'à la recherche et permet d'utiliser et de comparer des analyses génétiques complexes dans l'interface Microsoft Excel couramment utilisée. Ce logiciel permet de calculer des analyses telles que AMOVA, ainsi que des comparaisons avec d'autres types de statistiques étroitement liées, notamment les statistiques F et l'indice de Shannon, etc.

Les références

  1. ^ Excoffier, L; Smouse, Pe; Quattro, Jm (juin 1992). "Analyse de la variance moléculaire déduite des distances métriques parmi les haplotypes d'ADN: application aux données de restriction de l'ADN mitochondrial humain" (Texte intégral libre) . Génétique . 131 (2): 479–91. ISSN   0016-6731 . PMC   1205020 . PMID   1644282 .
  2. ^ Peakall, R. et Smouse PE (2012) GenAlEx 6.5: analyse génétique dans Excel. Logiciel de génétique des populations pour l'enseignement et la recherche - une mise à jour. Bioinformatics 28, 2537–2539.

Liens externes