Appel de base - Base calling
L'appel de base est le processus d'attribution de nucléobases aux pics de chromatogrammes ou aux changements de courant électrique résultant du passage des nucléotides à travers un nanopore . Un programme informatique pour accomplir ce travail est Phred , qui est un logiciel d'appel de base largement utilisé par les laboratoires de séquençage d'ADN académiques et commerciaux en raison de sa grande précision d'appel de base.
Les appelants de base pour le séquençage Nanopore utilisent des réseaux de neurones entraînés sur des signaux actuels obtenus à partir de données de séquençage réelles.
Précision d'appel de base
L'appel de base peut être évalué par deux mesures, la précision de lecture et la précision du consensus. La précision de lecture fait référence à la précision de la base appelée par rapport à une référence connue. La précision du consensus fait référence à la précision d'une séquence consensus par rapport aux lectures qui se chevauchent à partir du même locus génétique .