BioRuby - BioRuby
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 Une coque BioRuby sur rails
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| Version stable | 2.0.2 / 31 décembre 2020
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|---|---|
| Dépôt |
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| Écrit en | Rubis |
| Taper | Bioinformatique |
| Licence | GPL |
| Site Internet | bioruby |
BioRuby est une collection de code Ruby open-source , comprenant des classes pour la biologie moléculaire computationnelle et la bioinformatique . Il contient des classes pour l' analyse de séquences d' ADN et de protéines , l' alignement de séquences , l'analyse de bases de données biologiques, la biologie structurale et d'autres tâches de bioinformatique. BioRuby est publié sous la licence GNU GPL version 2 ou Ruby et est l'un des nombreux projets Bio *, conçu pour réduire la duplication de code.
En 2011, le projet BioRuby a introduit le système de plugins logiciels Biogem, avec deux ou trois nouveaux plugins ajoutés chaque mois.
BioRuby est géré via le site Web BioRuby et le référentiel GitHub .
Histoire
BioRuby
Le projet BioRuby a été lancé pour la première fois en 2000 par Toshiaki Katayama en tant qu'implémentation Ruby de packages bioinformatiques similaires tels que BioPerl et BioPython . La version initiale de la version 0.1 a été fréquemment mise à jour par les contributeurs à la fois de manière informelle et lors d'événements organisés de «hackathon»; en juin 2005, BioRuby a été financé par l'IPA en tant que projet logiciel exploratoire, culminant avec la sortie de la version 1.0.0 en février 2006. Entre 2009 et 2012, BioRuby a fait l'objet d'un certain nombre de projets Google Summer of Code visant à améliorer la base de code . La version 2.0.0 de BioRuby est sortie en 2019.
Biogem
Biogem fournit un ensemble d'outils pour les bioinformaticiens qui souhaitent coder une application ou une bibliothèque qui utilise ou étend la bibliothèque principale de BioRuby, ainsi que partager le code sous forme de gemme sur rubygems.org. Toute gemme publiée via le framework Biogem est également répertoriée sur biogems.info.
L'objectif de Biogem est de promouvoir une approche modulaire du package BioRuby et de simplifier la création de modules en automatisant le processus de configuration de l'échafaudage de répertoires / fichiers, d'un référentiel git et de la publication de bases de données de packages en ligne.
Biogems populaires
| # | Biogem | La description | Version |
|---|---|---|---|
| 1 | bio | Bibliothèque de bioinformatique | 1.4.3.0001 |
| 2 | la biodiversité | Analyseur de noms scientifiques | 3.1.5 |
| 3 | Extracteur de feuille de calcul simple | Extraction de contenu de feuille de calcul de base à l'aide d'Apache POI | 0,13,3 |
| 4 | Joyau bio | Générateur de logiciel pour Ruby | 1,36 |
| 5 | Samtools bio | Classeur de samtools pour Ruby | 2.1.0 |
| 6 | serveur t2 | Prise en charge de l'interaction avec le serveur taverna 2 | 1.1.0 |
| 7 | api ucsc bio | L'API Ruby ucsc | 0.6.2 |
| 8 | entrer | demande http pour entrer dans les e-utilities | 0.5.8.1 |
| 9 | gadget bio | Gadget pour la bioinformatique | 0,4,8 |
| dix | serveur de séquences | Recherche explosive rendue facile! | 0,8,7 |