Bioclipse - Bioclipse
| Développeur(s) | Le projet Bioclipse |
|---|---|
| Première version | 17 novembre 2005 |
| Version stable | 2.6.2 (4 novembre 2016 ) [±] |
| Version préliminaire | 2.6.2 RC (15 avril 2016 ) [±] |
| Taper | Cheminformatie , bioinformatique |
| Licence | Licence publique Eclipse |
| Site Internet |
www 
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Le Bioclipse projet est un Java basé, open-source , plate - forme visuelle pour la chimio - et la bio - informatique basé sur l' Eclipse Rich Client Platform (RCP de). Il a acquis une fonctionnalité de script en 2009 et une version en ligne de commande en 2021.
Comme toute application RCP, Bioclipse utilise une architecture de plugin qui hérite des fonctionnalités de base et des interfaces visuelles d'Eclipse, telles que le système d'aide, les mises à jour logicielles , les préférences, le déploiement multiplateforme, etc. Via ses plugins, Bioclipse fournit des fonctionnalités pour la chimio et la bioinformatique, et des points d'extension qui peuvent facilement être étendus par d'autres plugins , éventuellement propriétaires, pour fournir des fonctionnalités supplémentaires.
La première version stable de Bioclipse comprend un plugin Chemistry Development Kit (CDK) pour fournir un backend chimioinformatique, un plugin Jmol pour la visualisation 3D des molécules et un plugin BioJava pour l'analyse de séquence. Récemment, la plate-forme R , utilisant StatET, et OpenTox ont été ajoutées.
Bioclipse est le fruit d'une collaboration entre le groupe Proteochemometric, Dept. of Pharmaceutical Biosciences, Uppsala University , Suède, le Christoph Steinbeck Group at the European Bioinformatics Institute et le Analytical Chemistry Department at Leiden University , mais comprend également des extensions développées dans d'autres instituts universitaires , y compris le Karolinska Institutet et l' Université de Maastricht . Le développement est soutenu par l'International Bioclipse Association.
Langage de script Bioclipse
Le langage de script Bioclipse (BSL) est un environnement de script, actuellement basé sur JavaScript et Groovy . Il étend le langage de script avec des gestionnaires qui enveloppent les fonctionnalités de bibliothèques tierces, comme mentionné ci-dessus. Ces scripts permettent ainsi de rendre les analyses dans Bioclipse partageables, par exemple, sur MyExperiment .org. Bioclipse définit un certain nombre de types de données de base que les gestionnaires prennent en charge, permettant aux informations d'être utilisées entre ces gestionnaires.
Les références
Liens externes
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Scholia a un profil thématique pour Bioclipse . |