Visualisation des données biologiques - Biological data visualization

La visualisation de données biologiques est une branche de la bioinformatique qui s'intéresse à l'application de l'infographie , de la visualisation scientifique et de la visualisation de l'information à différents domaines des sciences de la vie . Cela comprend la visualisation des séquences , des génomes , des alignements , des phylogénies , des structures macromoléculaires , de la biologie des systèmes , de la microscopie et des données d' imagerie par résonance magnétique . Les outils logiciels utilisés pour visualiser les données biologiques vont des programmes simples et autonomes aux systèmes intégrés complexes.

Etat de l'art et perspectives

Aujourd'hui, nous vivons une croissance rapide du volume et de la diversité des données biologiques , présentant un défi croissant pour les biologistes. Une étape clé dans la compréhension et l'apprentissage de ces données est la visualisation. Ainsi, il y a eu une augmentation correspondante du nombre et de la diversité des systèmes de visualisation des données biologiques.

Une tendance émergente est le brouillage des frontières entre la visualisation de structures 3D à résolution atomique, la visualisation de complexes plus grands par cryomicroscopie électronique et la visualisation de l'emplacement des protéines et des complexes dans des cellules et des tissus entiers.

Une deuxième tendance émergente est une augmentation de la disponibilité et de l'importance des données résolues en temps provenant de la biologie des systèmes , de la microscopie électronique et de l'imagerie cellulaire et tissulaire. En revanche, la visualisation des trajectoires a longtemps été une partie importante de la dynamique moléculaire .

Enfin, alors que les ensembles de données augmentent en taille, en complexité et en interconnexion, les systèmes de visualisation biologique s'améliorent en termes de convivialité , d' intégration et de normalisation des données .

Liste des logiciels de visualisation

De nombreux systèmes logiciels sont disponibles pour la visualisation des données biologiques. La liste ci-dessous relie certains logiciels et systèmes couramment utilisés, regroupés par domaines d'application.

  • Medusa - Un outil simple pour l'analyse des graphiques d'interaction. Il s'agit d'une application basée sur Java et disponible sous forme d'applet.
  • Cytoscape - Un logiciel open source pour l'intégration de réseaux d'interactions biomoléculaires avec des données d'expression à haut débit et d'autres états moléculaires.
  • Proviz - ProViz est une application open source autonome sous licence GPL.
  • PATIKA - C'est un outil avec environnement visuel intégré pour la construction et l'analyse collaboratives des voies cellulaires.

Les références

Liens externes

Conférences associées