Embranchement - Phylum
En biologie, un phylum ( / f aɪ l əm / ; pluriel : phyla ) est un niveau de classification ou de rang taxonomique ci - dessous royaume et au-dessus de la classe . Traditionnellement, en botanique, le terme division a été utilisé au lieu de phylum, bien que le Code international de nomenclature pour les algues, les champignons et les plantes accepte les termes comme équivalents. Selon les définitions, le règne animal Animalia contient environ 31 phylums; le règne végétal Plantae en contient environ 14 et le règne fongique Fungi en contient environ 8 phyla. Les recherches actuelles en phylogénétique découvrent les relations entre les phylums, qui sont contenus dans des clades plus grands , comme Ecdysozoa et Embryophyta .
Description générale
Le terme phylum a été inventé en 1866 par Ernst Haeckel du grec Phylon ( φῦλον , "race, stock"), lié à phylè ( φυλή , "tribu, clan"). Haeckel a noté que les espèces évoluaient constamment en de nouvelles espèces qui semblaient conserver peu de caractéristiques cohérentes entre elles et donc peu de caractéristiques qui les distinguaient en tant que groupe (« une unité autonome »). « Wohl aber ist eine solche reale und vollkommen abgeschlossene Einheit die Summe aller Espèce, welche aus einer und derselben gemeinschaftlichen Stammform allmählig sich entwickelt haben, wie z. B. alle Wirbelthiere. ce qui se traduit par : Cependant, peut-être qu'une unité aussi réelle et complètement autonome est l'agrégat de toutes les espèces qui ont progressivement évolué à partir d'une seule et même forme originelle commune, comme, par exemple, tous les vertébrés. Nous appelons cet agrégat [a] Stamm [c'est-à-dire race] ( Phylon ). Dans la taxonomie des plantes , August W. Eichler (1883) a classé les plantes en cinq groupes nommés divisions, terme qui reste utilisé aujourd'hui pour désigner les groupes de plantes, d'algues et de champignons. Les définitions des embranchements zoologiques ont changé depuis leurs origines dans les six classes linnéennes et les quatre embranchements de Georges Cuvier .
De manière informelle, les phylums peuvent être considérés comme des groupements d'organismes basés sur une spécialisation générale du plan corporel . À la base, un phylum peut être défini de deux manières : comme un groupe d'organismes avec un certain degré de similarité morphologique ou développementale (la définition phénétique ), ou un groupe d'organismes avec un certain degré de parenté évolutive (la définition phylogénétique ). Tenter de définir un niveau de la hiérarchie linnéenne sans faire référence à la parenté (évolutive) n'est pas satisfaisant, mais une définition phénétique est utile pour aborder des questions de nature morphologique, telles que le succès des différents plans corporels.
Définition basée sur la relation génétique
La mesure objective la plus importante dans les définitions ci-dessus est le "certain degré" qui définit comment différents organismes doivent être membres de différents phylums. L'exigence minimale est que tous les organismes d'un phylum soient clairement plus étroitement liés les uns aux autres qu'à tout autre groupe. Même cela est problématique car l'exigence dépend de la connaissance des relations entre les organismes : à mesure que de plus en plus de données deviennent disponibles, en particulier à partir d'études moléculaires, nous sommes mieux en mesure de déterminer les relations entre les groupes. Ainsi, les phyla peuvent être fusionnés ou divisés s'il devient évident qu'ils sont liés les uns aux autres ou non. Par exemple, les vers barbus ont été décrits comme un nouveau phylum (le Pogonophora) au milieu du 20e siècle, mais le travail moléculaire près d'un demi-siècle plus tard a révélé qu'il s'agissait d'un groupe d' annélides , de sorte que les phylums ont été fusionnés (les vers barbus sont maintenant une famille annélide ). D'autre part, le phylum hautement parasitaire Mesozoa a été divisé en deux phylums ( Orthonectida et Rhombozoa ) lorsqu'il a été découvert que les Orthonectida sont probablement des deutérostomes et les Rhombozoa protostomes .
Cette variabilité des phylums a conduit certains biologistes à demander l'abandon du concept de phylum au profit de la cladistique , méthode dans laquelle les groupes sont placés sur un « arbre généalogique » sans classement formel de la taille des groupes.
Définition basée sur le plan corporel
Une définition d'un phylum basée sur le plan corporel a été proposée par les paléontologues Graham Budd et Sören Jensen (comme Haeckel l'avait fait un siècle plus tôt). La définition a été posée parce que les organismes éteints sont les plus difficiles à classer : ils peuvent être des ramifications qui ont divergé de la lignée d'un phylum avant que les caractères qui définissent le phylum moderne ne soient tous acquis. Selon la définition de Budd et Jensen, un phylum est défini par un ensemble de caractères partagés par tous ses représentants vivants.
Cette approche pose quelques petits problèmes - par exemple, les caractères ancestraux communs à la plupart des membres d'un phylum peuvent avoir été perdus par certains membres. Aussi, cette définition est basée sur un moment arbitraire : le présent. Cependant, comme il est basé sur les caractères, il est facile à appliquer aux archives fossiles. Un problème plus important est qu'il repose sur une décision subjective quant aux groupes d'organismes qui devraient être considérés comme des embranchements.
L'approche est utile car elle permet de classer facilement les organismes éteints en « groupes souches » par rapport aux embranchements avec lesquels ils ressemblent le plus, en se basant uniquement sur les similitudes taxonomiquement importantes. Cependant, prouver qu'un fossile appartient au groupe couronne d'un phylum est difficile, car il doit afficher un caractère unique à un sous-ensemble du groupe couronne. De plus, les organismes du groupe souche d'un phylum peuvent posséder le « plan corporel » du phylum sans toutes les caractéristiques nécessaires pour en faire partie. Cela affaiblit l'idée que chacun des phyla représente un plan corporel distinct.
Une classification utilisant cette définition peut être fortement affectée par la survie aléatoire de groupes rares, ce qui peut rendre un phylum beaucoup plus diversifié qu'il ne le serait autrement.
Embranchements connus
Animaux
Les nombres totaux sont des estimations; les chiffres de différents auteurs varient énormément, notamment parce que certains sont basés sur des espèces décrites, d'autres sur des extrapolations au nombre d'espèces non décrites. Par exemple, environ 25 000 à 27 000 espèces de nématodes ont été décrites, tandis que les estimations publiées du nombre total d'espèces de nématodes comprennent 10 000 à 20 000 ; 500 000 ; 10 millions; et 100 millions.
Protostome | Bilatérie | |
Deutérostome | ||
Basal/contesté | ||
Autres |
Phylum | Sens | Nom commun | Caractéristique distinctive | Espèce décrite |
---|---|---|---|---|
Annélide | Petite bague | Vers segmentés | Plusieurs segments circulaires | 22 000 + existants |
Arthropodes | Pied articulé | Arthropodes | Corps segmentés et membres articulés, avec exosquelette de Chitine | 1 250 000 + existant ; 20 000+ disparus |
Brachiopodes | Bras pied | Coquilles de lampe | Lophophore et pédicule | 300 -500 existants ; 12 000+ éteints |
Bryozoaires ( Ectoprocta ) | Animaux de mousse | Animaux de mousse, tapis marins, ectoproctes | Lophophore, pas de pédicule, tentacules ciliés , anus à l'extérieur de l'anneau des cils | 6 000 existants |
Chaetognatha | Mâchoire poil long | Vers de flèche | Epines chitineuses de chaque côté de la tête, nageoires | environ. 100 existants |
Accords | Avec un cordon | Accords | Cordon nerveux dorsal creux , notochorde , fentes pharyngées , endostyle , queue post- anale | environ. 55 000 + |
Cnidaire | Ortie | Cnidaires | Nématocystes (cellules urticantes) | environ. 16 000 |
Ctenophora | Porte-peigne | Gelées de peigne | Huit « rangées de peignes » de cils fusionnés | environ. 100 -150 existant |
Cycliophore | Roue de transport | Symbion | Bouche circulaire entourée de petits cils, corps en forme de sac | 3 + |
Échinodermes | Peau épineuse | Échinodermes | Quintuple radial de symétrie dans les formes vivantes, mésodermiques épines calcifié | environ. 7 500 existants ; environ. 13 000 disparus |
Entoprocta | À l'intérieur de l' anus | Vers de gobelet | Anus à l'intérieur de l'anneau des cils | environ. 150 |
Gastrotricha | ventre poilu | Vers gastrotrich | Deux tubes adhésifs terminaux | environ. 690 |
Gnathostomulida | Orifice de la mâchoire | Vers de la mâchoire | environ. 100 | |
Hemichordata | Demi cordon | Vers glandulaires, hémichordés | Stomocorde dans le col, fentes pharyngées | environ. 130 existants |
Kinorhyncha | Museau de mouvement | Dragons de boue | Onze segments, chacun avec une plaque dorsale | environ. 150 |
Loricifera | Porteur de corset | Têtes de brosse | Écailles en forme de parapluie à chaque extrémité | environ. 122 |
Micrognathozoaires | Petits animaux à mâchoires | Limnognathie | Thorax extensible en accordéon | 1 |
Mollusque | Mou, tendre | Mollusques / mollusques | Coquille ronde du pied musclé et du manteau | 85 000 + existants ; 80 000+ éteints |
Nématode | Discussion comme | Vers ronds, vers fil | Coupe transversale ronde, cuticule de kératine | 25 000 |
Nématomorphes | Forme de fil | Vers de crin, vers gordiens | environ. 320 | |
Némertéa | Une nymphe de la mer | Vers rubans, rhynchocoela | environ. 1 200 | |
Onychophore | Porte-griffe | Vers de velours | Pattes inclinées par des griffes chitineuses | environ. 200 existants |
Phoronida | la maîtresse de Zeus | Vers en fer à cheval | intestin en forme de U | 11 |
Placozoaire | Animaux de l'assiette | Trichoplax | Surfaces supérieure et inférieure différenciées, deux couches de cellules ciliées, cellules de fibres amiboïdes entre les deux | 3 |
Plathelminthes | Ver plat | Vers plats | environ. 29 500 | |
Porifère | Porteur de pores | Éponges | Mur intérieur perforé | 10 800 existants |
Priapulida | Petit Priape | Vers de pénis | environ. 20 | |
Rhombozoa ( Dicyemida ) | Animal losange | Rhombozoaires | Cellule axiale antéropostérieure unique entourée de cellules ciliées | 100 + |
Rotifère | Support de roue | Rotifères | Couronne antérieure des cils | environ. 2 000 |
Tardigrada | Pas lent | Ours d'eau, Porcelets de mousse | Corps et tête à quatre segments | 1 000 |
Xenacoelomorpha | Forme creuse étrange | Acoels, xénoturbellides | Bilatérien , mais dépourvu de structures bilatériennes typiques telles que les cavités intestinales, les anus et les systèmes circulatoires | 400 + |
Total : 31 | 1 525 000 |
Les plantes
Le royaume Plantae est défini de diverses manières par différents biologistes (voir Définitions actuelles de Plantae ). Toutes les définitions incluent les embryophytes vivants (plantes terrestres), auxquels peuvent s'ajouter les deux divisions d'algues vertes, Chlorophyta et Charophyta , pour former le clade Viridiplantae . Le tableau ci-dessous suit le système influent (bien que controversé) de Cavalier-Smith en assimilant "Plantae" à Archaeplastida , un groupe contenant Viridiplantae et les divisions d' algues Rhodophyta et Glaucophyta .
La définition et la classification des usines au niveau de la division varient également d'une source à l'autre et ont évolué progressivement ces dernières années. Ainsi, certaines sources placent les prêles dans la division Arthrophyta et les fougères dans la division Monilophyta, tandis que d'autres les placent toutes les deux dans Monilophyta, comme indiqué ci-dessous. La division Pinophyta peut être utilisée pour tous les gymnospermes (c'est-à-dire y compris les cycadales, les ginkgos et les gnetophytes), ou pour les conifères seuls comme ci-dessous.
Depuis la première publication du système APG en 1998, qui proposait une classification des angiospermes jusqu'au niveau des ordres , de nombreuses sources ont préféré traiter les rangs supérieurs aux ordres comme des clades informels. Lorsque des rangs formels ont été fournis, les divisions traditionnelles énumérées ci-dessous ont été réduites à un niveau très inférieur, par exemple les sous-classes .
Plantes terrestres | Viridiplantae | |
Les algues vertes | ||
Autres algues ( Biliphyta ) |
Division | Sens | Nom commun | Caractéristiques distinctives | Espèce décrite |
---|---|---|---|---|
Anthocerotophyta | Plantes ressemblant à Anthoceros | Hornworts | Horn-forme sporophytes , aucun système vasculaire | 100 -300+ |
Bryophytes | Bryum -commeplantes,plantesmousse | Mousses | Non ramifiés persistants sporophytes , aucun système vasculaire | environ. 12.000 |
Charophyta | Plantes de type chara | Charophytes | environ. 1 000 | |
Chlorophyte | Plantes (jaunes) vertes | Chlorophytes | environ. 7 000 | |
Cycadophyte | Plantes ressemblant à des cycas , plantes ressemblant à des palmiers | Cycas | Graines, couronne de feuilles composées | environ. 100 -200 |
Ginkgophyta | Plantes ressemblant au ginkgo | Ginkgo, arbre aux vierges | Graines non protégées par les fruits (espèces vivantes isolées) | seulement 1 existant; 50+ éteints |
Glaucophyta | Plantes bleu-vert | Glaucophytes | 15 | |
Gnetophyta | Plantes de type Gnetum | Gnétophytes | Graines et système vasculaire ligneux avec vaisseaux | environ. 70 |
Lycopodiophyta , |
Plantes de type Lycopodium Plantes de loup |
Clubmoss & Spikemoss | Feuilles de microphylle , système vasculaire | 1 290 existants |
Magnoliophytes | Plantes ressemblant à du magnolia | Plantes à fleurs, angiospermes | Fleurs et fruits, système vasculaire avec vaisseaux | 300 000 |
Marchantiophytes , Hépatophyte |
Plantes ressemblant à Marchantia Plantes du foie |
Hépatiques | Non ramifiés éphémères sporophytes , aucun système vasculaire | environ. 9 000 |
Polypodiophytes , |
Polypodium -commeplantes |
Fougères | Feuilles de mégaphylle , système vasculaire | environ. 10 560 |
Pinophyta , Coniférophytes |
Plantes ressemblant à des pins Plante à cône |
Conifères | Cônes contenant des graines et du bois composé de trachéides | 629 existants |
Rhodophytes | Plantes roses | Algues rouges | Utiliser les phycobiliprotéines comme pigments accessoires . | environ. 7 000 |
Total : 14 |
Champignons
Division | Sens | Nom commun | Caractéristiques distinctives | Espèce décrite |
---|---|---|---|---|
Ascomycota | Champignon de la vessie | Ascomycètes, champignons sac | Ont tendance à avoir des fructifications (ascocarpe). Filamenteux, produisant des hyphes séparés par des septa. Peut se reproduire de manière asexuée. | 30 000 |
Basidiomycota | Petit champignon de base | Basidiomycètes, mycètes | Champignons de support, champignons vénéneux, charbons et rouille. Reproduction sexuée. | 31 515 |
Blastocladiomycota | Champignon ramifié | Blastoclads | Moins de 200 | |
Chytridiomycota | Petit champignon de marmite | Chytrides | Prédominance aquatique saprotrophe ou parasitaire. Avoir un flagelle postérieur . Tendance à être unicellulaire mais peut aussi être multicellulaire. | 1000+ |
Gloméromycota | Champignon de pelote de laine | Gloméromycètes, champignons MA | Principalement des mycorhizes arbusculaires présentes, terrestres avec une faible présence sur les zones humides. La reproduction est asexuée mais nécessite des racines végétales. | 284 |
Microsporidies | Petites graines | Microspores | 1400 | |
Néocallimastigomycota | Nouveau beau champignon de fouet | Néocallimastigomycètes | Situé principalement dans le tube digestif des animaux herbivores. Anaérobie, terrestre et aquatique. | environ. 20 |
Zygomycota | Paire de champignons | Zygomycètes | La plupart sont des saprobes et se reproduisent sexuellement et asexuellement. | env. 1060 |
Total : 8 |
Le phylum Microsporidia est généralement inclus dans le royaume des champignons, bien que ses relations exactes restent incertaines, et il est considéré comme un protozoaire par la Société internationale des protistologues (voir Protista , ci-dessous). L'analyse moléculaire de Zygomycota a trouvé qu'il était polyphylétique (ses membres ne partagent pas d'ancêtre immédiat), ce qui est considéré comme indésirable par de nombreux biologistes. En conséquence, il y a une proposition d'abolir le phylum Zygomycota. Ses membres seraient divisés entre le phylum Glomeromycota et quatre nouveaux sous-phyla incertae sedis (de placement incertain) : Entomophthoromycotina , Kickxellomycotina , Mucoromycotina et Zoopagomycotina .
Protiste
Kingdom Protista (ou Protoctista) est inclus dans le modèle traditionnel à cinq ou six royaumes, où il peut être défini comme contenant tous les eucaryotes qui ne sont pas des plantes, des animaux ou des champignons. Protista est un taxon polyphylétique , ce qui est moins acceptable pour les biologistes d'aujourd'hui que par le passé. Des propositions ont été faites pour le diviser entre plusieurs nouveaux royaumes, tels que Protozoa et Chromista dans le système Cavalier-Smith .
La taxonomie protiste a longtemps été instable, avec des approches et des définitions différentes résultant en de nombreux schémas de classification concurrents. Les embranchements énumérés ici sont utilisés pour Chromista et Protozoa par le Catalogue of Life , adapté du système utilisé par l'International Society of Protistologists.
Harosa | |
Protozoaires |
Embranchement/Division | Sens | Nom commun | Caractéristiques distinctives | Exemple | Espèce décrite |
---|---|---|---|---|---|
Amibozoa | Animal amorphe | Amibes | Présence de pseudopodes | Amibe | 2400 |
Bigyre | Deux anneaux | ||||
Cercozoaires | |||||
Choanozoaires | Entonnoir animal | Présence d'un col de microvillosités entourant un flagelle | 125 | ||
Ciliophora | porteur de cils | ciliés | Présence de cils multiples et d'un cytostome | Paramécie | 4500 |
Cryptiste | Caché | ||||
Euglénozoa | Animal vrai oeil | Euglena | 800 | ||
Foraminifères | Supports de trous | Formes | Coquilles complexes avec une ou plusieurs chambres | Formes | 10000, 50000 éteint |
Haptophyta | |||||
Loukozoa | Groove animal | ||||
Métamonada | Organismes unicellulaires moyens | Giardia | |||
Microsporidies | Petite spore | ||||
Myzozoaires | Animal allaitant | 1555+ | |||
Ochrophyte | Plante jaune | Diatomées | |||
Oomycota | Champignon d'oeuf | Oomycètes | |||
Percolozoaires | |||||
Radiozoaire | Raie | Radiolaires | |||
Sarcomastigophora | Porteur de chair et de fouet | ||||
Sulcozoaires | |||||
Total : 19 |
Le catalogue de la vie comprend Rhodophyta et Glaucophyta dans le royaume Plantae, mais d'autres systèmes considèrent ces phylums comme faisant partie de Protista.
Bactéries
Actuellement, il y a 29 phylums acceptés par la liste des noms procaryotes avec Standing in Nomenclature (LPSN)
- Acidobactéries , phénotypiquement diverses et pour la plupart non cultivées
- Actinobactéries , Espèces Gram positives High-G+C
- Aquificae , seulement 14 genres thermophiles, ramification profonde
- Armatimonadetes
- Bacteroidetes
- Caldiserica , anciennement candidat division OP5 , Caldisericum exile est le seul représentant
- Chlamydiae , seulement 6 genres
- Chlorobi , seulement 7 genres, bactéries vertes de soufre
- Chloroflexi , bactéries vertes non soufrées
- Chrysiogenetes , seulement 3 genres ( Chrysiogenes arsenatis , Desulfurispira natronophila , Desulfurispirillum alkaliphilum )
- Cyanobactéries , également connues sous le nom d'algues bleu-vert
- déferribactéries
- Deinococcus-Thermus , Deinococcus radiodurans et Thermus aquaticus sont des espèces "communément connues" de cet embranchement
- Dictyoglomi
- Elusimicrobia , anciennement candidat division Thermite Groupe 1
- Fibrobactéries
- Firmicutes , espèces Gram positives à faible G+C, telles que les sporulants Bacilli (aérobie) et Clostridia (anaérobie)
- Fusobactéries
- Gemmatimonadetes
- Lentisphaerae , anciennement clade VadinBE97
- Nitrospira
- Planctomycètes
- Protéobactéries , le phylum le plus connu, contenant des espèces telles que Escherichia coli ou Pseudomonas aeruginosa
- Spirochaetes , les espèces incluent Borrelia burgdorferi , qui cause la maladie de Lyme
- Synergistes
- Tenericutes , classe alternativement Mollicutes dans le phylum Firmicutes (genre notable : Mycoplasma )
- Thermodesulfobactéries
- Thermotogae , ramification profonde
- Verrucomicrobe
Archées
Actuellement, il y a cinq phylums acceptés par la liste des noms procaryotes avec Standing in Nomenclature (LPSN).
- Crenarchaeota , deuxième phylum archaeal le plus commun
- Euryarchaeota , le phylum archaeal le plus commun
- Korarchaeota
- Nanoarchaeota , ultra-petits symbiotes, une seule espèce connue
- Thaumarchaeota