Liste des bases de données en neurosciences - List of neuroscience databases
Un certain nombre de bases de données en ligne sur les neurosciences sont disponibles et fournissent des informations sur l'expression des gènes , les neurones , la structure macroscopique du cerveau et les troubles neurologiques ou psychiatriques . Certaines bases de données contiennent des données descriptives et numériques, certaines sur la fonction cérébrale, d'autres offrent un accès à des données d'imagerie « brutes », telles que des coupes cérébrales post-mortem ou des images IRM 3D et IRMf . Certains se concentrent sur le cerveau humain, d'autres sur le non-humain.
À mesure que le nombre de bases de données qui cherchent à diffuser des informations sur la structure, le développement et la fonction du cerveau a augmenté, la nécessité de rassembler ces ressources elles-mêmes s'est également accrue. En conséquence, il existe aujourd'hui des bases de données de neurosciences, dont certaines atteignent plus de 3000 entrées.
Bases de données en neurosciences
Nom | La description | Organisme | Niveau (gène, neurone, macroscopique) | Données (IRM, IRMf, images, descriptives, numériques) | Désordre | S'inscrire pour voir les données ? | Réf. | |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Atlas du cerveau d'Allen | Atlas, coupes colorées de cerveaux montrant le développement et l'expression des gènes | Souris, Humain | Macroscopique, Gène | Images | Sain | Non | ||
Initiative de neuroimagerie de la maladie d'Alzheimer (ADNI) | Images IRM structurelles | Humain | Macroscopique | Ensembles de données IRM | Santé et maladie d'Alzheimer | Oui | ||
Grand cerveau | Reconstruction 3D d'un cerveau complet à partir de coupes histologiques colorées de corps cellulaire à une résolution isotrope de 20 microns | Humain | Microscopique | Images | Sain | Non | ||
BIRN IRMf et données IRM | IRMf, IRM et atlas pour cerveaux humains et souris | Souris, Humain | Multiniveaux : régions cérébrales, connexions, neurones, modèles d'expression génique | Ensembles de données IRM, ensembles de données IRMf | En bonne santé, personnes âgées | Non | ||
Base de données de neuroimagerie des troubles bipolaires | Méta-analyse et base de données des études IRM | Humain | Macroscopique | Descriptif, numérique | Trouble bipolaire | Non | ||
Système de gestion de l'architecture du cerveau | Ressource en ligne pour des informations sur les circuits neuronaux | Rat, souris, humain | Multiniveaux : régions cérébrales, connexions, neurones, modèles d'expression génique | Descriptif, numérique | Sain | Non | ||
Cerveau Nuage | Expression des gènes dans le cortex préfrontal humain | Humain | Modèles d'expression génique | Descriptif, numérique | Sain | Non | ||
Cerveau-CODE | Une plate-forme multimodale et inter-trouble pour la recherche et les données intégrées en neurosciences par l' Ontario Brain Institute . | Humain, Animal | Ensembles de données multimodales (cliniques, d'imagerie, moléculaires, etc.) | Descriptif, numérique, imagerie, moléculaire, génétique | Neurodéveloppement, paralysie cérébrale, épilepsie, dépression, neurodégénérescence, commotion cérébrale | Oui | ||
Brain-Development.org | Images IRM structurelles et atlas | Humain | Macroscopique | Ensembles de données IRM | Fœtus, nouveau-nés sains et prématurés | Oui | ||
Braingraph.org | Braingraphs calculés à partir des données du projet Human Connectome | Humain | Macroscopique, jusqu'à 1015 nœuds | graphes orientés et non orientés au format GraphML annoté anatomiquement | Sain | Non | ||
Informations sur le cerveau | Atlas, atlas schématique de Macaca fascicularis | macaques | Macroscopique | Images schématiques | Sain | Oui | ||
Plate-forme d'interface cerveau-machine | Différents types de données liées à l'interface cerveau-machine | Humain, Singe | Macroscopique, Neurone | Images, Numérique | Sain | Non | ||
BrainMap.org | Base de données de coordonnées IRMf | Humain | Macroscopique | Descriptif | Sain | Oui | ||
Cartes du cerveau | Atlas, coupes colorées à haute résolution de cerveaux | Humain, primate et non primate (14 espèces en tout) | Neurone et macroscopique | Images | Sain | Non | ||
Portail de données Cerveau/ESPRIT | Atlas, IRM in-vivo et ex-vivo, enregistrements ECoG | Ouistiti commun, humain | Macroscopique | Images | Sain | Non | ||
Base de données Brede | Base de données de coordonnées IRMf et TEP | Humain | Macroscopique | Descriptif | Sain | Non | ||
Brainmuseum.org / Banque de la biodiversité du cerveau de la MSU | Atlas, coupes colorées de cerveaux et images IRM | Humain et 62 autres espèces | Macroscopique | Images | Sain | Non | ||
Brainnomics/Localisateur | IRMf et IRM, données comportementales | Humain | Macroscopique | Images, Numérique | Sain | Non | ||
Atlas sous-cortical de Caltech | IRM | Humain | Macroscopique | IRM | Sain | Non | ||
Centre de Cambridge pour le vieillissement et les neurosciences (Cam-CAN) | Données IRM, IRMf, MEG pour ~700 adultes en bonne santé issus de la population âgés de 18 à 88 ans | Humain | Macroscopique | Images, Descriptif, Numérique | Sain | Non | ||
Les archives d'imagerie du cancer | Imagerie IRM, TDM et TEP des patients cancéreux avec données cliniques à l'appui (dans de nombreux cas) | Humain | Macroscopique | Images, Descriptif, Numérique | Cancer | Non | ||
Base de données des transcriptomes du développement cérébelleux | Atlas, coupes colorées de cerveaux de souris montrant le développement cérébelleux et l'expression des gènes | Souris | Macroscopique, Gène | Images | Sain | Non | ||
Recherche collaborative en neurosciences computationnelles CRCNS.org | De nombreux types de résultats en neurosciences pertinents pour la modélisation | Humain et plusieurs autres espèces | Multi-échelle | Trains de pointes, LFP, MUA, IRM | Sain | Oui | ||
Base de données pour atteindre des expériences et des modèles (DREAM) | Atteindre les données (comportemental, généralisation, adaptation, apprentissage, pic, IRMf, incertitude) | Humain et singe | Macroscopique | Cinématique, Spike, IRMf | Sain | Oui | ||
Le centre de données IRMf | Ensembles de données IRMf provenant d'études publiées | Humain | Macroscopique | ensembles de données IRMf | Sain | Oui | ||
Projet GIMPS (Glucose IMaging dans les syndromes parkinsoniens) | Base de données internationale sur les maladies neurodégénératives au scanner FDG-PET | Humain | Macroscopique | Images FDG-PET | Maladie de Parkinson (MP), maladie d'Alzheimer (MA), atrophie multisystémique (MSA), paralysie supranucléaire progressive (PSP), etc. | Oui | ||
Portail Hippocampome | Circuits, types de neurones, électrophysiologie | Humain adulte | Neurone | Morphologie cellulaire, électrophysiologie, constitution des régions, connectivité | Sain | Oui | ||
Base de données internationale d'électrophysiologie de l'épilepsie (IEEG.org) | EEG, métadonnées, imagerie, annotations sur les données | Modèles humains et animaux d'épilepsie | EEG, champs locaux, micro-ECoG | Électrophysiologie | Non sain, plusieurs sains | Oui | ||
Initiative internationale de partage de données de neuroimagerie (INDI) | Données de connectivité fonctionnelle de nombreux groupes différents | Invertébrés (47 espèces au total) | Macroscopique | Connectivité fonctionnelle | Sain, non sain | Oui | ||
Plateforme du cerveau des invertébrés | Photos de dissections du système nerveux des invertébrés | Invertébrés (47 espèces au total) | Macroscopique | Photos | Sain | Non | ||
Fantôme humain in vivo | Données d'IRM à ultra haute résolution d'un seul participant, y compris une angiographie ToF de 150 m, un MPRAGE pondéré en T1 de 250 m, un QSM de 330 m, une EST pondérée en T2 de 450 m, un DTI de 800 m, une IRM rs-fM continue de 1,8 mm pendant une heure et des données structurelles acquises sur plus plus d'une décennie | Humain | mésoscopique | IRM structurelle avec divers contrastes, IRM microstructure et IRM fonctionnelle | Sain | Non | ||
Atlas JuBrain | Cartes 3D cytoarchitectoniques probabilistes du cerveau humain | Humain | mésoscopique | De construction | Sain | Non | ||
Atlas de Kymata | Atlas fonctionnel du cortex humain | Humain | Macroscopique | Fonctionnel | Sain | Non | ||
Base de données de neuroimagerie des troubles dépressifs majeurs | Méta-analyse et base de données des études IRM | Humain | Macroscopique | Descriptif, numérique | Trouble dépressif majeur | Non | ||
Atlas des gènes des ouistitis | Expression des gènes dans le cerveau entier du ouistiti commun | Ouistiti commun | Macroscopique, Gène | Images | Sain | Non | ||
Bibliothèque du cerveau de la souris | Atlas, coupes colorées de cerveaux de souris | Souris | Macroscopique | Images | Sain | Non | ||
NeuroData | Ensembles de données volumétriques, atlas et recherche en connectomique | Plusieurs | Multi-échelle | Images (3D, 4D) | Divers | Non | ||
Neuroelectro.org | Electrophysiologie des neurones | Humain, autres | Neurone | Propriétés et données électrophysiologiques | Sain | Non | ||
Neuromorpho.org | Modèles 3D de vrais neurones | Humain, rat , souris , singe , autres | Neurone | Images et données 3D | Sain | Non | ||
Neuromorphometrics.com | Scanners IRM du cerveau étiquetés manuellement | Humain | Macroscopique | IRM pondérée en T1, volumes marqués | Sain | Non | ||
NeuronDB | Base de données des propriétés et classification des neurones | Humain | Neurone | Descriptif | Sain | Non | ||
Collaboratoire d'outils et de ressources de neuroimagerie (NITRC) | Collaboration gratuite primée avec plus de 1000 outils logiciels de neuroinformatique, ensembles de données d'imagerie et ressources communautaires, y compris des forums et des événements. | Humain, souris, rat, autre | Microscopique, macroscopique | Ensembles de données | Sain et malade | Non | ||
Série d'études d'imagerie en libre accès (OASIS) | Images IRM structurelles | Humain | Macroscopique | Ensembles de données IRM | Santé et maladie d'Alzheimer | Oui | ||
Ouvrir le projet Connectome | Base de données de différents cadres de circuits et ensembles de données de neuro-imagerie, y compris des ensembles de données volumétriques, des atlas et des recherches en connectomique | Humain, souris, chauve-souris, poisson zèbre, insecte, autre | Multiniveaux : régions cérébrales, connexions, neurones, modèles d'expression génique | Images et données 3D | Sain | Non | ||
OpenNeuro | Collection importante et diversifiée de données brutes provenant de diverses études de recherche distribuées sous licences permissives ( CC0 et CC-BY ). Tous les ensembles de données sont formatés selon le même format ( Brain Imaging Data Structure ) et sont accessibles via Amazon S3 . | Humain | Macroscopique | Ensembles de données fonctionnelles, structurelles, IRM de diffusion et magnétoencéphalographie | Maladies saines et diverses | Non | ||
Ouvrir les archives MEG (OMEGA) | Magnétoencéphalographie , ensembles de données d'IRM structurelles et démographie | Humain | Macroscopique | MEG, ensembles de données IRM T1, données démographiques | Sain, TDAH , Lésion cérébrale traumatique | Oui | ||
Le référentiel PAIN | Ensembles de données IRM structurelles, de diffusion et fonctionnelles | Humain | Macroscopique humain | Ensembles de données IRM et métadonnées | Conditions de santé et de douleur | Oui | ||
Atlas du cerveau de cochon | Pig Brain Atlas est un cerveau moyen en trois dimensions basé sur l'IRM et un atlas du porcelet nouveau-né (Sus scrofa). | Cochon (Sus scrofa) | Macroscopique | IRM structurelle | Sain | Oui | ||
Base de données de types de cellules de primates | PrimateDatabase.com, une archive accessible au public et accessible sur le Web d'enregistrements intracellulaires de patch clamp et de reconstructions numériques tridimensionnelles très détaillées de la morphologie neuronale. | Primate non humain et humain | Neurone | Électrophysiologie, morphologie et reconstructions en 3D | Sain | Non | ||
SchizConnect | SchizConnect est une base de données virtuelle ouverte et publique de recherche et de téléchargement d'images de neuroimagerie (IRM) de la schizophrénie et de données connexes. | Humain | Macroscopique | Ensembles de données IRM structurelles, de diffusion et fonctionnelles, évaluations cognitives et cliniques | Schizophrénie (+ frères et sœurs), Trouble bipolaire, Contrôles (+ frères et sœurs) | Oui | ||
Base de données EEG des temples | Plus de 30 000 EEG cliniques et rapports de neurologues associés | Humain | Macroscopique | EEG | Maladies saines et diverses | Oui | ||
Ensemble de données IRM du cerveau entier pondérées en T1 à ultra-haute résolution | Données IRM pondérées en T1 acquises à l'aide d'une correction de mouvement prospective à une résolution isotrope ultra-élevée de 250 µm. | Humain | mésoscopique | Ensemble de données IRM structurelles, y compris les données brutes et traitées du scanner | Sain | Non | ||
UNC-Wisconsin Neurodéveloppement Rhésus MRI Database | Images IRM structurelles et pondérées en diffusion dans l'espace natif et atlas | macaques | Macroscopique | Ensembles de données IRM | Sain | Non | ||
Atlas du cerveau entier | Atlas, images IRM structurelles et images TEP | Humain | Macroscopique | Images | Maladies saines et diverses | Non | ||
NeuroVault | Cartes statistiques sans seuil issues d'études IRM et TEP. | Humain | Macroscopique | Images | Maladies saines et diverses | Non |
Bases de données de bases de données en neurosciences
Nom | La description | Organisme | Niveau (gène, neurone, macroscopique) | Données (IRM, IRMf, images, descriptives, numériques) | Désordre | S'inscrire pour voir les données ? | Réf. |
---|---|---|---|---|---|---|---|
Cadre d'information en neurosciences | Une méta base de données de données pertinentes pour les neurosciences intégrant plus de 100 bases de données. | Humain, souris, rat, ver | Microscopique, macroscopique | Ensembles de données | Sain et malade | Non |
Agrégateurs d'articles en neurosciences
Flux de neurosciences à RightRelevance.