Ontologie pour les investigations biomédicales - Ontology for Biomedical Investigations
L' ontologie pour les investigations biomédicales ( OBI ) est une ontologie intégrée à accès ouvert pour la description des investigations biologiques et cliniques. OBI fournit un modèle pour la conception d'une enquête, les protocoles et l' instrumentation utilisés, les matériaux utilisés, les données générées et le type d' analyse qui y est effectuée. Le projet est développé dans le cadre de la fonderie OBO et en tant que tel adhère à tous les principes qui y sont énoncés, tels que la couverture orthogonale (c'est-à-dire la délimitation claire des ontologies des autres membres de la fonderie) et l'utilisation d'un langage formel commun. Dans OBI, le langage formel commun utilisé est le langage d'ontologie Web (OWL). En mars 2008, une version préliminaire de l'ontologie était disponible dans le référentiel SVN du projet .
Portée
L'ontologie pour les investigations biomédicales (OBI) répond au besoin de vocabulaires contrôlés pour soutenir l'intégration et l'analyse conjointe ("cross-omics") des données expérimentales, un besoin initialement identifié dans le domaine de la transcriptomique par la FGED Society , qui a développé l'ontologie MGED en tant que une ressource d'annotation pour les données de microarray. Smith B, Ashburner M, Rosse C, Bard J, Bug W, Ceusters W, et al. (novembre 2007). "The OBO Foundry: évolution coordonnée des ontologies pour soutenir l'intégration des données biomédicales" . Biotechnologie naturelle . 25 (11) : 1251-5. doi : 10.1038/nbt1346 . PMC 2814061 . PMID 17989687 .OBI utilise l' ontologie de niveau supérieur de l' ontologie formelle de base comme moyen de décrire des entités générales qui n'appartiennent pas à un domaine de problème spécifique. En tant que telles, toutes les classes OBI sont une sous-classe d'une classe BFO.
L'ontologie a pour objet de modéliser toutes les investigations biomédicales et, en tant que telle, contient des termes d'ontologie pour des aspects tels que :
- matériel biologique - par exemple plasma sanguin
- instrument (et parties d'un instrument à l'intérieur) - par exemple puce à ADN , centrifugeuse
- contenu d'information - tel qu'une image ou une entité d'information numérique telle qu'un dossier médical électronique
- conception et exécution d'une enquête (et expériences individuelles) - par exemple conception d'étude , séparation de matériel d' électrophorèse
- transformation des données (incorporant des aspects tels que la normalisation des données et l'analyse des données) - par exemple , l'analyse des composants principaux, la réduction de la dimensionnalité, le calcul de la moyenne
Des aspects moins « concrets » tels que le rôle qu'une entité donnée peut jouer dans un scénario particulier (par exemple le rôle d'un composé chimique dans une expérience) et la fonction d'une entité (par exemple la fonction digestive de l'estomac pour nourrir le corps ) sont également couverts dans l'ontologie.
Consortium OBI
L'ontologie MGED a été initialement identifiée dans le domaine de la transcriptomique par la FGED Society et a été développée pour répondre aux besoins d'intégration de données. Suite à une décision mutuelle de collaborer, cet effort est devenu plus tard une collaboration plus large entre des groupes tels que FGED, PSI et MSI en réponse aux besoins de domaines tels que la transcriptomique, la protéomique et la métabolomique et le FuGO (Functional Genomics Investigation Ontology) a été créé. Celui-ci est devenu plus tard l'OBI couvrant le champ plus large de toutes les investigations biomédicales.
En tant qu'initiative internationale et inter-domaines, le consortium OBI s'appuie sur un pool d'experts de divers domaines, non limités à la biologie. La liste actuelle des membres du consortium OBI est disponible sur le site Web du consortium OBI. Le consortium est composé d'un comité de coordination qui est une combinaison de deux sous-groupes, le représentant de la communauté (ceux qui représentent une communauté biomédicale particulière) et les développeurs principaux (développeurs d'ontologies qui peuvent ou non être membres d'une seule communauté). Séparé du comité de coordination se trouve le groupe de travail des développeurs qui se compose de développeurs au sein des communautés collaborant au développement d'OBI à la discrétion des membres actuels du consortium OBI.
Documents sur l'OBI
- Brinkman RR, Courtot M, Derom D, Fostel JM, He Y, Lord P, et al. (juin 2010). "Modélisation de processus expérimentaux biomédicaux avec OBI" . Journal de sémantique biomédicale . 1 Suppl 1 : S7. doi : 10.1186/2041-1480-1-S1-S7 . PMC 2903726 . PMID 20626927 .
- Courtot M, Bug WJ, Gibson F, Lister AL, Malone J, Schober D, Brinkman RR, Ruttenberg A (1er janvier 2008). La chouette des investigations biomédicales . Actes du cinquième atelier Owled sur Owl : expériences et directions. p. 432. CiteSeerX 10.1.1.142.9206 .
- Zheng J, Manduchi E, Stoeckert Jr CJ (7 juillet 2013). "Développement d'une ontologie d'application pour la génomique des cellules bêta basée sur l'ontologie pour les investigations biomédicales" (PDF) . ICBO : 62-67.
- Dumontier M, Baker CJ, Baran J, Callahan A, Chepelev L, Cruz-Toledo J, et al. (Mars 2014). "L'ontologie intégrée Semanticscience (SIO) pour la recherche biomédicale et la découverte des connaissances" . Journal de sémantique biomédicale . 5 (1) : 14. doi : 10.1186/2041-1480-5-14 . PMC 4015691 . PMID 24602174 .
- Klingström T, Soldatova L, Stevens R, Roos TE, Swertz MA, Müller KM, et al. (Janvier 2013). « Atelier sur les normes de protocole de laboratoire pour la base de données des méthodes moléculaires ». Nouvelle biotechnologie . 30 (2) : 109-13. doi : 10.1016/j.nbt.2012.05.019 . PMID 22687389 .
- Soldatova LN, King RD, Basu PS, Haddi E, Saunders N (octobre 2013). « La représentation des protocoles biomédicaux ». Revue EMBnet . 19 (B) : 56-8. doi : 10.14806/ej.19.B.730 .