Base de données Orientations des protéines dans les membranes - Orientations of Proteins in Membranes database
| Contenu | |
|---|---|
| La description | La base de données fournit une disposition spatiale des protéines dans la bicouche lipidique |
| Types de données capturés |
Structures protéiques de la PDB |
| Organismes | Tout |
| Contacter | |
| Centre de recherche | Université du Michigan College of Pharmacy |
| Citation principale | PMID 16397007 |
| Date de sortie | 2005 |
| Accès | |
| Format des données | format PDB modifié |
| Site Internet | http://opm.phar.umich.edu |
| Télécharger l'URL | Fichiers OPM |
| Outils | |
| la toile | Serveur pour le calcul des positions des protéines dans les membranes |
| Divers | |
| Licence | CC-BY 3.0 |
| Version | 2,0 |
| Politique de conservation | Organisé |
Les orientations des protéines dans les membranes ( OPM ) base de données fournit des positions spatiales des protéines membranaires structures par rapport à la bicouche lipidique . Les positions des protéines sont calculées à l'aide d'un modèle de solvatation implicite de la bicouche lipidique. Les résultats des calculs ont été vérifiés par rapport à des études expérimentales de la disposition spatiale des protéines transmembranaires et périphériques dans les membranes.
Les structures des protéines sont extraites de la banque de données sur les protéines . OPM fournit également la classification structurelle des protéines associées à la membrane en familles et superfamilles, la topologie de la membrane , la structure quaternaire des protéines à l'état lié à la membrane et le type de membrane de destination pour chaque protéine. Les fichiers de coordonnées avec les limites de membrane calculées sont téléchargeables. Le site permet la visualisation des structures protéiques avec des plans limites membranaires à travers Jmol .
La base de données a été largement utilisée dans les études expérimentales et théoriques des protéines associées aux membranes. Cependant, les structures de nombreuses protéines associées à la membrane ne sont pas incluses dans la base de données si leur disposition spatiale dans la membrane ne peut pas être prédite par calcul à partir de la structure tridimensionnelle. C'est le cas lorsque toutes les parties d'ancrage membranaire des protéines ( hélices alpha amphiphiles , résidus non polaires exposés ou résidus d'acides aminés lipidés ) sont absentes des structures expérimentales. La base de données n'inclut pas non plus les structures de résolution inférieure avec uniquement les atomes de la chaîne principale fournis par la banque de données sur les protéines . Les arrangements spatiaux calculés des structures protéiques de résolution inférieure dans la bicouche lipidique peuvent être trouvés dans d'autres ressources, telles que PDBTM.