Institut Suisse de Bioinformatique - Swiss Institute of Bioinformatics
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| Abréviation | SIB |
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| Formation | 30 mars 1998 |
| Taper | fondation universitaire à but non lucratif |
| Quartier général | SIB Institut Suisse de Bioinformatique Quartier Sorge Batiment Amphipole 1015 Lausanne Suisse |
Région |
Suisse |
Co-directeur exécutif |
Christine Durinx & Ron Appel |
| Site Internet | frère |
Le SIB Swiss Institute of Bioinformatics est une fondation académique à but non lucratif qui fédère les activités de bioinformatique dans toute la Suisse .
L'institut a été créé le 30 mars 1998 et sa mission est de fournir des ressources bioinformatiques de base à la communauté nationale et internationale de la recherche en sciences de la vie dans des domaines tels que la génomique , la protéomique et la biologie des systèmes, ainsi que de diriger et de coordonner le domaine de la bioinformatique en Suisse. Elle promeut notamment la recherche, développe des banques de données et des technologies informatiques et s'implique dans des activités d'enseignement et de service.
Histoire
L'institut a été créé à l'origine pour fournir un cadre de financement stable à long terme à la fois pour la base de données Swiss-Prot et le nœud suisse EMBnet . Swiss-Prot notamment a traversé une crise de financement majeure en 1996, qui a conduit les dirigeants des cinq groupes de recherche actifs en bio-informatique à Genève et Lausanne , Ron Appel , Amos Bairoch , Philipp Bucher, Victor Jongeneel et Manuel Peitsch à créer le SIB. Une fois créé, l'institut pourrait alors demander un financement en vertu d'une loi suisse qui permet au gouvernement de financer jusqu'à 50 % des dépenses d'infrastructures vitales de recherche et d'enseignement.
Le premier directeur de l'institut fut Victor Jongeneel suivi d' Ernest Feytmans entre 2001 et septembre 2007. Du 1er octobre 2007 à juillet 2018, l'institut était dirigé par Ron Appel , l'un de ses membres fondateurs. Depuis juillet 2018, le SIB est dirigé par Christine Durinx et Ron Appel, en tant que directeurs exécutifs conjoints.
Organisation
Le SIB Swiss Institute of Bioinformatics est une fédération de groupes de recherche avec des bioinformaticiens affiliés dans 21 institutions partenaires du SIB, dont les universités de Bâle , Berne , Fribourg , Genève , Lausanne , Lugano et Zurich , les Ecoles polytechniques fédérales de Lausanne et de Zurich , le Friedrich Miescher Institute for Biomedical Research , l'Institut de recherche en oncologie de Bellinzona et la Geneva School of Business Administration (HEG). Les groupes de recherche actuels du SIB sont situés à Bâle , Berne , Fribourg , Genève , Lausanne , Lugano , Zurich , Yverdon , Wädenswil , Bellinzona et Davos .
Le SIB fédère plus de 70 groupes de recherche, de services et d'infrastructures, regroupant plus de 700 scientifiques dans des domaines aussi variés que la protéomique , la transcriptomique , la génomique , la biologie des systèmes , la bioinformatique structurelle , la bioinformatique évolutive , la modélisation, l'imagerie, la biophysique , la génétique des populations et la bioinformatique clinique. Le SIB organise une réunion scientifique internationale annuelle, la [BC]2 Basel Computational Biology Conference .
Ressources bioinformatiques
L'institut propose un large éventail de ressources pour la communauté de recherche en sciences de la vie, la plupart étant ouvertes et accessibles via Expasy , le portail de ressources bioinformatiques du SIB. Ils comprennent:
Bases de données
SIB développe et maintient des bases de données de renommée internationale, notamment UniProtKB/Swiss-Prot (base de données de séquences de protéines organisées offrant un haut niveau d'annotation), neXtProt (plateforme de connaissances sur les protéines centrée sur l'humain), SWISS-MODEL Repository (modèles de structure de protéines en trois dimensions) , STRING (réseaux d'interactions protéine for Systems Biology), SwissRegulon (réseaux de régulation de transcription du génome entier), des promoteurs eucaryotes Database ( EPD ), SWISS-2DPAGE (base de données sur gel 2D), dépôt WORLD-2DPAGE (garde-gel 2D), PROSITE (protéine familles et domaines), MyHits (séquences et motifs protéiques), Bgee (base de données pour récupérer et comparer les modèles d'expression génique entre les espèces animales), OpenFlu (base de données pour le virus de la grippe humaine et animale), ViralZone (portail vers les entrées virales UniProtKB), GlycoSuiteDB ( glycan), SugarBindDB (Pathogen Sugar-Binding Database), OrthoDB (le catalogue hiérarchique des orthologues eucaryotes), miROrtho (le catalogue des gènes des microARN animaux), ImmunoDB (gènes et familles de gènes liés au système immunitaire des insectes) et Cellosaurus (une ressource de connaissances sur les lignées cellulaires).
Outils logiciels
SIB développe et fournit des logiciels pour la communauté mondiale de la recherche en sciences de la vie, tels que SWISS-MODEL (modélisation d'homologie de structure protéique), SwissDrugDesign (conception de médicaments assistée par ordinateur), Melanie ( plateforme d'analyse de gel 2D ), MSight ( imagerie et analyse LC-MS software ), OMA (Orthology Matrix), V-pipe (pipeline de génomique virale), DeepView/Swiss-PdbViewer (visualisation, modélisation et analyse des protéines) et les utilitaires Newick (traitement d'arbre phylogénétique à haut débit).
Installations de base
SIB gère plusieurs plateformes de bioinformatique qui fournissent un soutien informatique et statistique, ainsi que des services et des conseils aux scientifiques de la vie, leur permettant ainsi de mener leurs projets de recherche et d'analyser les données qui en résultent. Des installations de base ont été mises en place pour la recherche en génomique, transcriptomique et protéomique. SIB gère également le Vital-IT High Performance Computing Center qui fournit des ressources de calcul, un soutien au développement et des conseils à la communauté suisse des sciences de la vie, tant dans les universités que dans l'industrie. L'infrastructure Vital-IT est répartie sur trois sites : Université de Lausanne , EPFL et Université de Genève . Des ressources de calcul et une expertise en bio-informatique sont également fournies dans la région de Bâle avec sciCORE , le Basel Computational Biology Center.
Éducation et formation
L'une des priorités du SIB est de promouvoir et de coordonner l'enseignement de la bioinformatique. Les membres du SIB sont directement ou indirectement impliqués dans un certain nombre de cours de bioinformatique à tous les niveaux d'enseignement - du secondaire aux diplômes de premier cycle et des cycles supérieurs - ainsi que dans la formation spécialisée pour les scientifiques de la vie. Le SIB promeut également un réseau de formation doctorale en bioinformatique, ouvert aux étudiants diplômés des écoles supérieures suisses. Les objectifs de ce réseau sont doubles :
- Offrir aux étudiants diplômés en bioinformatique un ensemble de cours de pointe qui fournissent à la fois les connaissances théoriques et pratiques nécessaires pour travailler sur un projet de recherche de doctorat réussi en bioinformatique.
- Favoriser le développement d'un réseau de doctorants et favoriser l'échange d'idées, ainsi que la mobilité des étudiants entre les institutions participantes.
Science populaire
Le SIB est également impliqué dans l'apport de la bio-informatique au profane. Comprendre l'importance croissante de cette science relativement récente dans la société d'aujourd'hui devient fondamental. En effet, dans un avenir pas trop lointain, les patients se référeront à des résultats directement générés par des méthodes bioinformatiques. Depuis l'an 2000, afin de sensibiliser le public, le SIB a participé à de nombreuses expo-sciences, créé deux magazines en ligne, une exposition en plein air et, en 2012, une exposition virtuelle.