Archéogénétique - Archaeogenetics

L'archéogénétique est l'étude de l'ADN ancien à l' aide de diverses méthodes de génétique moléculaire et de ressources d'ADN. Cette forme d'analyse génétique peut être appliquée à des spécimens humains, animaux et végétaux. L'ADN ancien peut être extrait de divers spécimens fossilisés, notamment des os, des coquilles d'œufs et des tissus conservés artificiellement dans des spécimens humains et animaux. Chez les plantes, l'ADN ancien peut être extrait des graines et des tissus. L'archéogénétique nous fournit des preuves génétiques des migrations de groupes de population anciens, des événements de domestication et de l'évolution des plantes et des animaux. L'ADN ancien référencé avec l'ADN de populations génétiques relativement modernes permet aux chercheurs d'effectuer des études comparatives qui fournissent une analyse plus complète lorsque l'ADN ancien est compromis.

L'archéogénétique tire son nom du mot grec arkhaios , signifiant « ancien », et du terme génétique , signifiant « l'étude de l'hérédité ». Le terme archéogénétique a été conçu par l'archéologue Colin Renfrew .

En février 2021, des scientifiques ont signalé, pour la première fois, le séquençage d' ADN à partir de restes d'animaux , un mammouth en l'occurrence, vieux de plus d'un million d'années, le plus ancien ADN séquencé à ce jour.

Premiers travaux

Ludwik Hirszfeld (1884-1954)

Ludwik Hirszfeld était un microbiologiste et sérologue polonais qui était le président de la section des groupes sanguins du deuxième congrès international de la transfusion sanguine. Il a fondé l' héritage des groupes sanguins avec Erich von Dungern en 1910 et y a grandement contribué tout au long de sa vie. Il a étudié les groupes sanguins ABO . Dans l'une de ses études en 1919, Hirszfeld a documenté les groupes sanguins ABO et la couleur des cheveux des personnes sur le front macédonien, ce qui lui a permis de découvrir que la couleur des cheveux et le groupe sanguin n'avaient aucune corrélation. En plus de cela, il a observé qu'il y avait une diminution du groupe sanguin A de l'Europe occidentale vers l'Inde et l'inverse pour le groupe sanguin B. Il a émis l'hypothèse que le rapport des groupes sanguins est-ouest provenait de deux groupes sanguins constitués principalement de A ou B muté du groupe sanguin O, et se mélangeant par migration ou brassage. La majorité de ses travaux ont porté sur les liens entre les groupes sanguins et le sexe, la maladie, le climat, l'âge, la classe sociale et la race. Ses travaux l'ont amené à découvrir que l'ulcère gastroduodénal était plus dominant dans le groupe sanguin O, et que les mères du groupe sanguin AB avaient un ratio de natalité homme/femme élevé.

Arthur Mourant (1904-1994)

Arthur Mourant était un hématologue et chimiste britannique . Il a reçu de nombreux prix, notamment Fellowship of the Royal Society . Son travail consistait à organiser les données existantes sur les fréquences des gènes des groupes sanguins et à contribuer largement à la carte génétique du monde grâce à son enquête sur les groupes sanguins dans de nombreuses populations. Mourant a découvert les nouveaux antigènes des groupes sanguins des systèmes Lewis , Henshaw , Kell et Rhésus , et a analysé l'association des groupes sanguins et de diverses autres maladies. Il s'est également concentré sur la signification biologique des polymorphismes . Son travail a jeté les bases de l'archéogénétique car il a facilité la séparation des preuves génétiques des relations biologiques entre les personnes. Cette preuve génétique était auparavant utilisée à cette fin. Il a également fourni du matériel qui pourrait être utilisé pour évaluer les théories de la génétique des populations .

William Boyd (1903-1983)

William Boyd était un immunochimiste et biochimiste américain qui est devenu célèbre pour ses recherches sur la génétique de la race dans les années 1950. Au cours des années 1940, Boyd et Karl O. Renkonen ont découvert indépendamment que les lectines réagissent différemment à divers groupes sanguins, après avoir découvert que les extraits bruts de haricot de Lima et de vesce touffue agglutinaient les globules rouges du groupe sanguin A mais pas les groupes sanguins B ou O. Cela a finalement conduit à la divulgation de milliers de plantes contenant ces protéines. Afin d'examiner les différences raciales et les schémas de distribution et de migration de divers groupes raciaux, Boyd a systématiquement collecté et classé des échantillons de sang du monde entier, ce qui a conduit à sa découverte que les groupes sanguins ne sont pas influencés par l'environnement et sont hérités. Dans son livre Genetics and the Races of Man (1950), Boyd a classé la population mondiale en 13 races distinctes, sur la base de leurs différents profils de groupes sanguins et de son idée que les races humaines sont des populations avec des allèles différents . L'une des sources d'information les plus abondantes concernant les traits héréditaires liés à la race reste l'étude des groupes sanguins.

Méthodes

Préservation de l'ADN fossile

La récupération des fossiles commence par la sélection d'un site d'excavation . Les sites d'excavation potentiels sont généralement identifiés grâce à la minéralogie de l'emplacement et à la détection visuelle des ossements dans la région. Cependant, il existe d'autres moyens de découvrir des zones d'excavation à l'aide de technologies telles que la fluorescence X portable sur le terrain et la reconstruction stéréo dense. Les outils utilisés comprennent des couteaux , des brosses et des truelles pointues qui aident à éliminer les fossiles de la terre.

Pour éviter de contaminer l' ADN ancien , les échantillons sont manipulés avec des gants et conservés à -20 °C immédiatement après avoir été déterrés. S'assurer que l'échantillon fossile est analysé dans un laboratoire qui n'a pas été utilisé pour d'autres analyses d' ADN pourrait également empêcher la contamination. Les os sont broyés en poudre et traités avec une solution avant le processus de réaction en chaîne par polymérase (PCR). Les échantillons destinés à l'amplification de l'ADN ne sont pas nécessairement des ossements fossiles. La peau conservée, conservée au sel ou séchée à l'air, peut également être utilisée dans certaines situations.

La préservation de l'ADN est difficile car la fossilisation osseuse se dégrade et l'ADN est chimiquement modifié, généralement par des bactéries et des champignons dans le sol. Le meilleur moment pour extraire l'ADN d'un fossile est lorsqu'il est fraîchement sorti du sol, car il contient six fois plus d'ADN que les os stockés. La température du site d'extraction affecte également la quantité d'ADN pouvant être obtenue, évidente par une diminution du taux de réussite de l'amplification de l'ADN si le fossile se trouve dans des régions plus chaudes. Un changement drastique de l'environnement d'un fossile affecte également la préservation de l'ADN. Étant donné que l'excavation provoque un changement brutal dans l'environnement du fossile, elle peut entraîner un changement physicochimique de la molécule d'ADN. De plus, la préservation de l'ADN est également affectée par d'autres facteurs tels que le traitement du fossile déterré (par exemple, le lavage, le brossage et le séchage au soleil), le pH , l' irradiation , la composition chimique des os et du sol et l' hydrologie . Il y a trois phases diagénétiques de persévération. La première phase est la putréfaction bactérienne , dont on estime qu'elle provoque une dégradation de 15 fois de l'ADN. La phase 2 est celle où l'os se dégrade chimiquement, principalement par dépurination . La troisième phase diagénétique se produit après l'excavation et le stockage du fossile, au cours de laquelle la dégradation de l'ADN osseux se produit le plus rapidement.

Méthodes d'extraction d'ADN

Une fois qu'un spécimen est collecté sur un site archéologique, l'ADN peut être extrait par une série de processus. L'une des méthodes les plus courantes utilise la silice et tire parti des réactions en chaîne par polymérase afin de collecter l'ADN ancien à partir d'échantillons d'os.

Il existe plusieurs défis qui ajoutent à la difficulté lorsqu'on tente d'extraire de l'ADN ancien à partir de fossiles et de le préparer pour l'analyse. L'ADN est continuellement divisé. Tant que l'organisme est vivant, ces fissures sont réparées ; cependant, une fois qu'un organisme est mort, l'ADN commencera à se détériorer sans réparation. Cela donne des échantillons ayant des brins d'ADN mesurant environ 100 paires de bases de long. La contamination est un autre défi important à plusieurs étapes tout au long du processus. Souvent, d'autres ADN, tels que l'ADN bactérien, seront présents dans l'échantillon d'origine. Pour éviter la contamination, il est nécessaire de prendre de nombreuses précautions telles que des systèmes de ventilation et des espaces de travail séparés pour les travaux d'extraction d'ADN ancien. Les meilleurs échantillons à utiliser sont des fossiles frais, car un lavage imprudent peut entraîner la croissance de moisissures . L'ADN provenant de fossiles contient également parfois un composé qui inhibe la réplication de l'ADN. Il est également difficile de parvenir à un consensus sur les méthodes les plus efficaces pour atténuer les problèmes en raison du manque de répétabilité causé par le caractère unique des spécimens.

L'extraction d'ADN à base de silice est une méthode utilisée comme étape de purification pour extraire l'ADN d' artefacts osseux archéologiques et produire un ADN qui peut être amplifié à l'aide de techniques de réaction en chaîne par polymérase (PCR) . Ce processus fonctionne en utilisant la silice comme moyen de lier l'ADN et de le séparer des autres composants du processus fossile qui inhibent l' amplification par PCR . Cependant, la silice elle-même est également un puissant inhibiteur de PCR , des mesures prudentes doivent donc être prises pour s'assurer que la silice est éliminée de l'ADN après extraction. Le processus général d'extraction de l'ADN à l'aide de la méthode à base de silice est décrit par ce qui suit :

1. L'échantillon d'os est nettoyé et la couche externe est grattée
2. L'échantillon est prélevé de préférence dans une section compacte
3. L'échantillon est broyé en poudre fine et ajouté à une solution d'extraction pour libérer l'ADN
4. Une solution de silice est ajoutée et centrifugée pour faciliter la liaison à l'ADN
5. La solution de liaison est retirée et un tampon est ajouté à la solution pour libérer l'ADN de la silice

L'un des principaux avantages de l'extraction d'ADN à base de silice est qu'elle est relativement rapide et efficace, ne nécessitant qu'une configuration de laboratoire de base et des produits chimiques. Il est également indépendant de la taille de l'échantillon, car le processus peut être mis à l'échelle pour s'adapter à des quantités plus ou moins importantes. Un autre avantage est que le processus peut être exécuté à température ambiante. Cependant, cette méthode comporte certains inconvénients. Principalement, l'extraction d'ADN à base de silice ne peut être appliquée qu'à des échantillons d'os et de dents ; ils ne peuvent pas être utilisés sur les tissus mous . Bien qu'ils fonctionnent bien avec une variété de fossiles différents, ils peuvent être moins efficaces dans les fossiles qui ne sont pas frais (par exemple, les fossiles traités pour les musées ). De plus, la contamination présente un risque pour toute la réplication de l'ADN en général, et cette méthode peut entraîner des résultats trompeurs si elle est appliquée à du matériel contaminé.

La réaction en chaîne par polymérase est un processus qui peut amplifier des segments d'ADN et est souvent utilisé sur l'ADN ancien extrait. Il comporte trois étapes principales : la dénaturation , le recuit et l'extension. La dénaturation divise l'ADN en deux brins simples à haute température. L'annelage consiste à attacher des brins d'amorce d'ADN aux brins simples qui permettent à la polymérase Taq de se fixer à l'ADN. L'extension se produit lorsque la Taq polymérase est ajoutée à l'échantillon et fait correspondre les paires de bases pour transformer les deux brins simples en deux doubles brins complets. Ce processus est répété plusieurs fois et est généralement répété un nombre plus élevé de fois lorsqu'il est utilisé avec de l'ADN ancien . Certains problèmes avec la PCR sont qu'elle nécessite des paires d'amorces qui se chevauchent pour l'ADN ancien en raison des séquences courtes. Il peut également y avoir une « PCR sautante » qui provoque une recombinaison au cours du processus de PCR, ce qui peut rendre l'analyse de l'ADN plus difficile dans des échantillons non homogènes.

Méthodes d'analyse ADN

L'ADN extrait des restes fossiles est principalement séquencé à l'aide du séquençage parallèle massif , qui permet l'amplification et le séquençage simultanés de tous les segments d'ADN d'un échantillon, même lorsqu'il est très fragmenté et de faible concentration. Cela implique d'attacher une séquence générique à chaque brin auquel les amorces génériques peuvent se lier, et ainsi tout l'ADN présent est amplifié. Ceci est généralement plus coûteux et plus long que la PCR, mais en raison des difficultés liées à l' amplification de l' ADN ancien, elle est moins chère et plus efficace. Une méthode de séquençage parallèle massif , développée par Margulies et al., utilise la PCR en émulsion à base de billes et le pyroséquençage , et s'est avérée puissante dans les analyses de l'ADNa car elle évite la perte potentielle d'échantillon, la compétition de substrat pour les modèles et la propagation d'erreurs dans réplication.

La façon la plus courante d'analyser une séquence d'ADNa consiste à la comparer avec une séquence connue provenant d'autres sources, et cela pourrait être fait de différentes manières à des fins différentes.

L'identité du fossile peut être découverte en comparant sa séquence d'ADN avec celles d'espèces connues à l'aide d'un logiciel tel que BLASTN. Cette approche archéogénétique est particulièrement utile lorsque la morphologie du fossile est ambiguë. En dehors de cela, l'identification des espèces peut également être effectuée en trouvant des marqueurs génétiques spécifiques dans une séquence d'ADNa. Par exemple, la population indigène américaine est caractérisée par des RFLP mitochondriales spécifiques et des délétions définies par Wallace et al.

L'étude comparative de l'ADNa peut également révéler la relation évolutive entre deux espèces. Le nombre de différences de base entre l'ADN d'une espèce ancienne et celui d'une espèce existante étroitement apparentée peut être utilisé pour estimer le temps de divergence de ces deux espèces par rapport à leur dernier ancêtre commun . La phylogénie de certaines espèces éteintes, telles que les loups marsupiaux australiens et les paresseux terrestres américains , a été construite par cette méthode. L'ADN mitochondrial chez les animaux et l' ADN chloroplastique chez les plantes sont généralement utilisés à cette fin car ils ont des centaines de copies par cellule et sont donc plus facilement accessibles dans les fossiles anciens.

Une autre méthode pour étudier la relation entre deux espèces est l'hybridation de l'ADN . Les segments d'ADN simple brin des deux espèces sont autorisés à former des liaisons de paires complémentaires les uns avec les autres. Les espèces plus proches ont une constitution génétique plus similaire, et donc un signal d' hybridation plus fort . Scholz et al. réalisé une hybridation par Southern blot sur l' ADNa de Néandertal (extrait de restes fossiles W-NW et Krapina). Les résultats ont montré une faible hybridation homme-néandertal ancien et une forte hybridation homme ancien-homme moderne. L'hybridation homme-chimpanzé et néandertal-chimpanzé est d'une force similaire faible. Cela suggère que les humains et les néandertaliens ne sont pas aussi étroitement liés que deux individus de la même espèce, mais ils sont plus liés l'un à l'autre qu'aux chimpanzés.

Il y a également eu quelques tentatives pour déchiffrer l'ADNa afin de fournir des informations phénotypiques précieuses sur les espèces anciennes. Cela se fait toujours en cartographiant la séquence d'ADNa sur le caryotype d'une espèce étroitement apparentée bien étudiée, qui partage de nombreux traits phénotypiques similaires. Par exemple, Green et al. ont comparé la séquence d'ADNa du fossile de Neandertal Vi-80 avec la séquence des chromosomes X et Y humains modernes, et ils ont trouvé une similitude dans 2,18 et 1,62 bases pour 10 000 respectivement, suggérant que l'échantillon Vi-80 provenait d'un individu mâle. D'autres études similaires incluent la découverte d'une mutation associée au nanisme chez Arabidopsis dans l'ancien coton nubien et une enquête sur le locus de perception du goût amer chez les Néandertaliens.

Applications

Archéologie humaine

Afrique

On pense que les humains modernes ont évolué en Afrique au moins 200 kya (il y a mille ans), avec certaines preuves suggérant une date de plus de 300 kya. L'examen de l'ADN mitochondrial (ADNmt), de l'ADN du chromosome Y et de l'ADN du chromosome X indique que la première population à quitter l'Afrique se composait d'environ 1 500 hommes et femmes. Il a été suggéré par diverses études que les populations étaient géographiquement «structurées» dans une certaine mesure avant l'expansion hors de l'Afrique; ceci est suggéré par l'ancienneté des lignées d'ADNmt partagées. Une étude de 121 populations de divers endroits à travers le continent a trouvé 14 « groupes » génétiques et linguistiques, suggérant une ancienne structure géographique des populations africaines. En général, les analyses génotypiques et phénotypiques ont montré « grandes et subdivisées tout au long de la majeure partie de leur histoire évolutive ».

L'analyse génétique a soutenu les hypothèses archéologiques d'une migration à grande échelle de locuteurs bantou vers l'Afrique australe d'environ 5 kya. L'ADN microsatellite, les polymorphismes mononucléotidiques (SNP) et les polymorphismes d'insertion/délétion (INDELS) ont montré que les populations de langue nilo-saharienne sont originaires du Soudan. En outre, il existe des preuves génétiques que les descendants tchadophones de locuteurs nilo-sahariens ont migré du Soudan vers le lac Tchad vers 8 kya. Les preuves génétiques ont également indiqué que les populations non africaines ont apporté des contributions significatives au pool génétique africain. Par exemple, les Beja d'Afrique saharienne ont des niveaux élevés d'ADN couchitique du Moyen-Orient et d'Afrique de l'Est.

L'Europe 

L'analyse de l'ADNmt montre que l'Eurasie a été occupée lors d'un seul événement migratoire entre 60 et 70 kya. Les preuves génétiques montrent que l'occupation du Proche-Orient et de l'Europe n'a pas eu lieu avant 50 kya. L'étude de l'haplogroupe U a montré des dispersions séparées du Proche-Orient à la fois en Europe et en Afrique du Nord.

Une grande partie des travaux réalisés en archéogénétique se concentre sur la transition néolithique en Europe. L'analyse de Cavalli-Svorza des modèles génétiques-géographiques l'a mené à conclure qu'il y avait un afflux massif de populations du Proche-Orient en Europe au début du Néolithique. Ce point de vue l'a amené à « mettre fortement l'accent sur l'expansion des premiers agriculteurs aux dépens des populations indigènes de butinage mésolithiques ». L'analyse de l'ADNmt dans les années 1990, cependant, a contredit ce point de vue. MB Richards a estimé que 10 à 22% des ADNmt européens existants provenaient de populations du Proche-Orient au cours du néolithique. La plupart des ADNmt étaient « déjà établis » parmi les groupes mésolithiques et paléolithiques existants. La plupart des « lignées de la région de contrôle » de l'ADNmt européen moderne sont attribuées à un événement fondateur de la réoccupation de l'Europe du Nord vers la fin du dernier maximum glaciaire (LGM). Une étude sur les ADNmt européens existants suggère que cette réoccupation s'est produite après la fin du LGM, bien qu'une autre suggère qu'elle s'est produite avant. L'analyse des haplogroupes V, H et U5 soutient un modèle de «colonisation pionnière» de l'occupation européenne, avec incorporation de populations en quête de nourriture dans les populations néolithiques arrivantes. En outre, l'analyse de l'ADN ancien, et pas seulement de l'ADN existant, met en lumière certains problèmes. Par exemple, la comparaison de l'ADN néolithique et mésolithique a indiqué que le développement de la production laitière a précédé la tolérance généralisée au lactose.

Asie du sud

L'Asie du Sud a servi de premier corridor majeur pour la dispersion géographique des humains modernes hors d'Afrique. Sur la base d'études sur la lignée M de l'ADNmt, certains ont suggéré que les premiers occupants de l'Inde étaient des locuteurs austro-asiatiques qui sont entrés dans environ 45 à 60 kya. Le pool génétique indien a des contributions des premiers colons, ainsi que des populations d'Asie occidentale et d'Asie centrale provenant de migrations ne dépassant pas 8 kya. L'absence de variation dans les lignées d'ADNmt par rapport aux lignées du chromosome Y indique que principalement les mâles ont participé à ces migrations. La découverte de deux sous-branches U2i et U2e de la lignée d'ADNmt U, qui sont apparues en Asie centrale, a « modulé » les vues d'une grande migration de l'Asie centrale vers l'Inde, les deux branches ayant divergé de 50 kya. De plus, U2e se trouve en grand pourcentage en Europe mais pas en Inde, et vice versa pour U2i, ce qui implique que U2i est originaire d'Inde.

Asie de l'Est

L'analyse des séquences d'ADNmt et de NRY (région de non-recombinaison du chromosome Y) a indiqué que la première dispersion majeure hors d'Afrique a traversé l'Arabie saoudite et la côte indienne de 50 à 100 kya, et une deuxième dispersion majeure s'est produite à 15 à 50 kya au nord de l'Himalaya.

Beaucoup de travail a été fait pour découvrir l'étendue des migrations nord-sud et sud-nord en Asie de l'Est. La comparaison de la diversité génétique des groupes du nord-est avec les groupes du sud-est a permis aux archéologues de conclure que de nombreux groupes d'Asie du nord-est venaient du sud-est. L'étude Pan-Asian SNP (single nucleotide polymorphism) a trouvé « une corrélation forte et hautement significative entre la diversité des haplotypes et la latitude », qui, couplée à une analyse démographique, appuie les arguments en faveur d'une occupation principalement sud-nord de l'Asie de l'Est. L'archéogénétique a également été utilisée pour étudier les populations de chasseurs-cueilleurs de la région, comme les groupes Ainu du Japon et Negrito aux Philippines. Par exemple, l'étude Pan-Asian SNP a révélé que les populations Negrito en Malaisie et les populations Negrito aux Philippines étaient plus étroitement liées aux populations locales non Negrito qu'entre elles, suggérant que les populations Negrito et non Negrito sont liées par un événement d'entrée. en Asie de l'Est; bien que d'autres groupes Negrito partagent des affinités, y compris avec les aborigènes australiens. Une explication possible de ceci est un mélange récent de certains groupes Negrito avec leurs populations locales.

Amériques

L'archéogénétique a été utilisée pour mieux comprendre le peuplement des Amériques à partir de l'Asie. Les haplogroupes d'ADNmt amérindiens ont été estimés entre 15 et 20 kya, bien qu'il y ait une certaine variation dans ces estimations. Les données génétiques ont été utilisées pour proposer diverses théories sur la façon dont les Amériques ont été colonisées. Bien que la théorie la plus répandue suggère « trois vagues » de migration après le LGM à travers le détroit de Béring, les données génétiques ont donné lieu à des hypothèses alternatives. Par exemple, une hypothèse propose une migration de la Sibérie vers l'Amérique du Sud de 20 à 15 kya et une seconde migration qui s'est produite après la récession glaciaire. Les données du chromosome Y ont conduit certains à soutenir qu'il y avait eu une seule migration à partir des montagnes de l'Altaï en Sibérie entre 17,2 et 10,1 kya, après le LGM. L'analyse de l'ADNmt et de l'ADN du chromosome Y révèle des preuves de «petites populations fondatrices». L'étude des haplogroupes a conduit certains scientifiques à conclure qu'une migration vers le sud vers les Amériques à partir d'une petite population était impossible, bien qu'une analyse distincte ait révélé qu'un tel modèle est réalisable si une telle migration se produisait le long des côtes.

Australie et Nouvelle-Guinée

Enfin, l'archéogénétique a été utilisée pour étudier l'occupation de l'Australie et de la Nouvelle-Guinée. Les aborigènes d'Australie et de Nouvelle-Guinée sont phénotypiquement très similaires, mais l'ADNmt a montré que cela est dû à la convergence de la vie dans des conditions similaires. Les régions non codantes de l'ADNmt n'ont montré « aucune similitude » entre les populations aborigènes d'Australie et de Nouvelle-Guinée. De plus, aucune lignée NRY majeure n'est partagée entre les deux populations. La fréquence élevée d'une seule lignée NRY unique en Australie, associée à une «faible diversité d'haplotypes à répétition courte en tandem (Y-STR) chromosomiques Y associés à la lignée» fournit la preuve d'un événement «fondateur ou goulot d'étranglement récent» en Australie. Mais il existe une variation relativement importante dans l'ADNmt, ce qui impliquerait que l'effet de goulot d'étranglement a touché principalement les hommes. Ensemble, les études NRY et mtDNA montrent que l'événement de séparation entre les deux groupes était supérieur à 50kya, jetant un doute sur l'ascendance commune récente entre les deux.

Plantes et animaux

L'archéogénétique a été utilisée pour comprendre le développement de la domestication des plantes et des animaux.

La domestication des plantes

La combinaison de la génétique et des découvertes archéologiques a été utilisée pour retracer les premiers signes de domestication des plantes dans le monde. Cependant, étant donné que les génomes nucléaire, mitochondrial et chloroplastique utilisés pour retracer le moment d'origine de la domestication ont évolué à des rythmes différents, son utilisation pour retracer la généalogie a été quelque peu problématique. L'ADN nucléaire en particulier est utilisé sur l' ADN mitochondrial et chloroplastique en raison de son taux de mutation plus rapide ainsi que de sa variation intraspécifique due à une plus grande cohérence des marqueurs génétiques du polymorphisme . Les découvertes dans les « gènes de domestication » des cultures (caractéristiques spécifiquement sélectionnées pour ou contre) comprennent

• tb1 (téosinte ramifiée1) – affectant la dominance apicale du maïs
• tga1 (teosinte glume architecture1) – rendre les grains de maïs compatibles pour la commodité des humains
• te1 (Oreille terminale1) – affectant le poids des grains
• fw2.2 – affectant le poids des tomates
• BoCal – inflorescence de brocoli et de chou-fleur

Grâce à l'étude de l'archéogénétique dans la domestication des plantes, des signes de la première économie mondiale peuvent également être découverts. La répartition géographique de nouvelles cultures hautement sélectionnées dans une région trouvée dans une autre où elle n'aurait pas été introduite à l'origine sert de preuve d'un réseau commercial pour la production et la consommation de ressources facilement disponibles.

La domestication des animaux

L'archéogénétique a été utilisée pour étudier la domestication des animaux. En analysant la diversité génétique dans les populations animales domestiquées, les chercheurs peuvent rechercher des marqueurs génétiques dans l'ADN pour donner des informations précieuses sur les traits possibles des espèces progénitrices. Ces traits sont ensuite utilisés pour aider à distinguer les vestiges archéologiques entre les spécimens sauvages et domestiqués. Les études génétiques peuvent également conduire à l'identification d'ancêtres pour les animaux domestiques. Les informations obtenues à partir des études génétiques sur les populations actuelles aident à guider la recherche de l'archéologue pour documenter ces ancêtres.

L'archéogénétique a été utilisée pour retracer la domestication des porcs dans l'ancien monde. Ces études révèlent également des preuves sur les détails des premiers agriculteurs. Des méthodes d'archéogénétique ont également été utilisées pour mieux comprendre le développement de la domestication des chiens. Des études génétiques ont montré que tous les chiens sont des descendants du loup gris, cependant, on ignore actuellement quand, où et combien de fois les chiens ont été domestiqués. Certaines études génétiques ont indiqué des domestications multiples alors que d'autres ne l'ont pas fait. Les découvertes archéologiques aident à mieux comprendre ce passé compliqué en fournissant des preuves solides sur la progression de la domestication des chiens. Comme les premiers humains ont domestiqué les chiens, les restes archéologiques de chiens enterrés sont devenus de plus en plus abondants. Non seulement cela offre plus d'opportunités aux archéologues d'étudier les vestiges, mais cela fournit également des indices sur la culture humaine primitive.

Voir également

Les références

Citations

Sources

Liens externes

• Laboratoire de génétique moléculaire, Institut McDonald pour la recherche archéologique