Candidatus - Candidatus

Dans la nomenclature procaryote , Candidatus (latin pour candidat à la fonction romaine) est utilisé pour nommer des embranchements procaryotes bien caractérisés mais non encore cultivés. Les approches de séquençage contemporaines, telles que le séquençage 16S ou la métagénomique , fournissent de nombreuses informations sur les organismes analysés et permettent ainsi d'identifier et de caractériser des espèces individuelles. Cependant, la majorité des espèces procaryotes restent incultivables et donc inaccessibles pour une caractérisation plus poussée dans une étude in vitro . Les découvertes récentes d'une multitude de taxons candidats ont conduit au rayonnement des phyla candidats à l' expansion de l'arbre de vie grâce aux nouvelles connaissances sur la diversité bactérienne.

Nomenclature

Histoire

Le Code international de nomenclature des procaryotes initial ainsi que les premières révisions ne tenaient pas compte de la possibilité d'identifier des procaryotes qui n'étaient pas encore cultivables. Par conséquent, le terme Candidatus a été proposé dans le cadre d'une conférence du Comité international de systématique des procaryotes (ICSP, anciennement Comité international de bactériologie systématique) en 1994 pour lancer la révision du code. En raison du nombre croissant de taxons Candidatus associés aux progrès continus des technologies de séquençage, l'ICSP a adopté le Code international de nomenclature des procaryotes en 1996 en ajoutant une annexe pour les taxons Candidatus (Annexe 11 dans la version la plus récente). Cependant, la nomenclature des taxons Candidatus n'est toujours pas couverte par les règles générales du Code procaryote conduisant à des discussions en cours et des propositions de modification du code actuel afin d'accorder la priorité aux taxons Candidatus .

Appellation

Actuellement, le statut provisoire « Candidatus » peut être utilisé si les conditions suivantes sont remplies :

« a) Informations génomiques [...] pour déterminer la position phylogénétique de l'organisme

(b) Toutes les informations disponibles à ce jour sur :

i.) la structure et la morphologie ii) la physiologie et le métabolisme iii) les caractéristiques de reproduction iv) l'environnement naturel dans lequel l'organisme peut être identifié et v) toute autre information disponible et appropriée".

Le nom d'espèce d'un organisme ayant le statut de Candidatus se compose du mot Candidatus , suivi soit d'un nom de genre avec une épithète spécifique, soit seulement d'un nom de genre, soit seulement d'une épithète spécifique. Les exemples incluent Candidatus Liberobacter asiaticum; Candidatus magnetobacterium; Candidatus intracellularis. Une liste de tous les taxons Candidatus est tenue par la Commission judiciaire de l'ICSP en coopération avec le comité de rédaction de l' IJSEM et est mise à jour à intervalles appropriés. Une fois qu'un taxa Candidatus a été cultivé avec succès, le nom doit être retiré de cette liste et un nouveau nom doit être proposé conformément au Code international de nomenclature des procaryotes .

Incultivabilité

Facteurs environnementaux

Il y a plusieurs raisons pour lesquelles de nombreuses espèces procaryotes ne poussent pas en laboratoire, dont beaucoup restent mal comprises. L'une de ces raisons est l'environnement dans lequel les espèces sont récupérées, qui peut être difficile à simuler dans des conditions de laboratoire. De nombreux procaryotes ont des exigences de croissance très spécifiques, notamment le besoin d'une composition nutritive spécifique, de conditions de pH, de températures, de pression atmosphérique ou de niveaux d'oxygène spécifiques. La plupart des milieux de croissance et des protocoles d'incubation disponibles dans le commerce répondaient mal à ces exigences, ce qui rendait nécessaire une évaluation complète de l'habitat afin d'isoler avec succès les bactéries d'intérêt à partir d'échantillons environnementaux.

Interaction des espèces

La plupart des espèces procaryotes ne vivent pas seules mais plutôt en communautés complexes avec d'autres espèces de tous les règnes de la vie. En conséquence, de nombreuses espèces dépendent des métabolites ou des composés de signalisation de leurs espèces voisines pour leur propre croissance cellulaire. L'identification des substances requises peut être difficile, mais une fois identifiée, une co-culture ou un ajout du composé spécifique peut être utilisé pour potentiellement cultiver l'espèce d'intérêt.

Réduction du génome

De nombreux cas d'interaction entre espèces sont de nature symbiotique , définie comme une relation intime à long terme entre deux espèces ou plus, qui peut être mutualiste, neutre ou nuisible. Selon l'emplacement du symbionte, les symbiontes peuvent être soit des ectosymbiontes, soit des endosymbiontes. Une réduction drastique du génome par des délétions de gènes a été observée chez les bactéries endosymbiotiques, ce qui serait dû au fait que de nombreux gènes deviennent inutiles dans l'environnement hôte abrité. Cela affecte fréquemment les gènes de réparation de l'ADN et de régulation transcriptionnelle, ce qui rend difficile la culture de ces organismes en dehors de leur hôte.

Voir également

Les références

Lectures complémentaires