.NET Bio - .NET Bio
.NET Bio est une bibliothèque de bioinformatique et de génomique open source créée pour permettre un chargement, une sauvegarde et une analyse simples des données biologiques. Il a été conçu pour .NET Standard 2.0 et faisait partie de la Microsoft Biology Initiative de la division eScience.
Histoire
.NET Bio a été initialement créé et publié par Microsoft Research sous le nom de Microsoft Biology Foundation (MBF) et a ensuite été reconditionné et publié par la Fondation Outercurve en tant que projet entièrement public et open source sous la licence Apache 2.0 .
Capacités
La bibliothèque se compose d'un ensemble de classes orientées objet écrites en C# pour effectuer des tâches bioinformatiques courantes telles que :
- Lisez et écrivez des fichiers de données d'alignement standard et orientés séquence tels que FASTA et GenBank .
- Accédez à des services Web en ligne tels que NCBI BLAST pour rechercher des fragments de séquence dans des bases de données connues.
- Algorithmes pour les alignements locaux et globaux.
- Algorithmes pour l' assemblage de séquences , y compris une implémentation parallèle de l'assembleur DeNovo.
Même si la bibliothèque elle-même est écrite en C# , elle peut être utilisée à partir de n'importe quel langage compatible .NET et contient des exemples d'utilisations diverses, notamment des scripts IronPython .
Voir également
- Compilateur de génome
- Fondation ouverte de bioinformatique
- BioJava , BioPerl , BioPython , BioRuby
- Bioclipse