.NET Bio - .NET Bio

.NET Bio
ARNt 3D.png
Auteur(s) original(aux) Recherche Microsoft
Développeur(s) Fondation Outercurve
Dépôt github .com / dotnetbio / bio
Écrit en C#
Système opérateur Linux , macOS , Windows
Plate-forme .NET Framework , Mono
Taper Bibliothèque de bioinformatique et de génomique
Licence Licence Apache 2.0
Site Internet web .archive .org /web /20130522040708 /http: //research .microsoft .com /en-US /projects /bio /mbf .aspx

.NET Bio est une bibliothèque de bioinformatique et de génomique open source créée pour permettre un chargement, une sauvegarde et une analyse simples des données biologiques. Il a été conçu pour .NET Standard 2.0 et faisait partie de la Microsoft Biology Initiative de la division eScience.

Histoire

.NET Bio a été initialement créé et publié par Microsoft Research sous le nom de Microsoft Biology Foundation (MBF) et a ensuite été reconditionné et publié par la Fondation Outercurve en tant que projet entièrement public et open source sous la licence Apache 2.0 .

Capacités

La bibliothèque se compose d'un ensemble de classes orientées objet écrites en C# pour effectuer des tâches bioinformatiques courantes telles que :

  1. Lisez et écrivez des fichiers de données d'alignement standard et orientés séquence tels que FASTA et GenBank .
  2. Accédez à des services Web en ligne tels que NCBI BLAST pour rechercher des fragments de séquence dans des bases de données connues.
  3. Algorithmes pour les alignements locaux et globaux.
  4. Algorithmes pour l' assemblage de séquences , y compris une implémentation parallèle de l'assembleur DeNovo.

Même si la bibliothèque elle-même est écrite en C# , elle peut être utilisée à partir de n'importe quel langage compatible .NET et contient des exemples d'utilisations diverses, notamment des scripts IronPython .

Voir également

Les références

Liens externes