Journal de biologie cellulaire -Journal of Cell Biology

Le Journal de biologie cellulaire
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La discipline Biologie cellulaire
Langue Anglais
Edité  par Jodi Nunnari
Détails de la publication
Histoire Le Journal de cytologie biophysique et biochimique (1955-1961)
Le Journal de biologie cellulaire (1962-présent)
Éditeur
après 6 mois
10.539 (2020)
Abréviations standards
ISO 4 J. Cell Biol.
Indexage
ISSN 0021-9525
LCCN 2001-227177
JSTOR 00219525
OCLC  n° 1390147
Liens

Journal of Cell Biology est une revue internationale à comité de lecture appartenant à l'Université Rockefeller et publiée par Rockefeller University Press .

Histoire

Au début des années 1950, un petit groupe de biologistes a commencé à explorer l' anatomie intracellulaire en utilisant la technologie émergente de la microscopie électronique . Beaucoup de ces chercheurs étaient au Rockefeller Institute of Medicine, le prédécesseur de l'Université Rockefeller . Au fur et à mesure que leur travail progressait vers la publication, ils étaient déçus par la qualité limitée de la reproduction des images en demi-teintes dans les revues imprimées de l'époque, et frustrés par les politiques éditoriales étroites des revues existantes concernant leurs résultats basés sur l'image. En 1954, le directeur de l'Institut Rockefeller, Detlev Bronk , organisa un déjeuner pour discuter de la création d'une nouvelle revue comme lieu de publication de ce type d'ouvrage.

Le premier numéro du Journal of Biophysical and Biochemical Cytology a été publié moins d'un an plus tard, le 25 janvier 1955. Un abonnement coûtait 15 $ par an. La liste des éditeurs comprenait Richard S. Bear, H. Stanley Bennett, Albert L. Lehninger , George E. Palade , Keith R. Porter , Francis O. Schmitt , Franz Schrader et Arnold M. Seligman. Les instructions aux auteurs décrivaient la portée de la revue : « La revue Journal of Biophysical and Biochemical Cytology est conçue pour fournir un support commun pour la publication d' études morphologiques , biophysiques et biochimiques sur les cellules, leurs composants et leurs produits. une attention particulière aux rapports sur l'organisation cellulaire aux niveaux colloïdal et moléculaire et aux études intégrant des informations cytologiques dérivées de diverses approches techniques." Reconnaissant qu'ils avaient besoin d'un titre plus accrocheur, les éditeurs ont changé le nom en The Journal of Cell Biology ("JCB") en 1962.

De nombreuses découvertes fondamentales ont été publiées dans la revue, y compris les premières descriptions de nombreuses fonctions et structures cellulaires, telles que la voie de sécrétion , l' ADN mitochondrial et chloroplastique , les microtubules , les filaments intermédiaires , les jonctions serrées (y compris les occludines et les claudines ), les jonctions adhérentes et cadhérines .

Dates clés

  • 25 janvier 1955 : Publication du premier numéro de The Journal of Biophysical and Biochemical Cytology.
  • Janvier 1961 – décembre 1983 : Raymond Griffiths est rédacteur en chef.
  • Janvier 1962 : le nom de la revue est changé en The Journal of Cell Biology .
  • Janvier 1984 – décembre 1998 : Bernie Gilula est rédacteur en chef.
  • 13 janvier 1997 : Le premier numéro de JCB est publié en ligne.
  • Avril 1997 – avril 2007 : Mike Rossner est rédacteur en chef.
  • Janvier 1999 – décembre 2008 : Ira Mellman est rédacteur en chef.
  • Juillet 2000 : Les auteurs sont autorisés à publier le fichier pdf final et publié de leurs articles sur leurs propres sites Web.
  • Janvier 2001 : JCB commence à rendre son contenu en ligne gratuit pour le public six mois après sa publication.
  • Juillet 2002 : JCB adopte un workflow entièrement électronique.
  • Septembre 2002 : JCB commence à examiner toutes les images numériques pour rechercher des preuves de manipulation.
  • Janvier 2003 : JCB lance le workflow RVB pour les images numériques couleur.
  • Juin 2003 : JCB met gratuitement à disposition du public tout son contenu datant de plus de six mois jusqu'au volume 1, numéro 1.
  • Mai 2007 – juillet 2010 : Emma Hill est rédactrice en chef.
  • Novembre 2007 : JCB commence à publier tout son contenu sur PubMed Central , où il est disponible gratuitement au public six mois après sa publication.
  • 1er mai 2008 : La nouvelle politique sur les droits d'auteur permet aux auteurs de conserver les droits d'auteur sur leurs propres œuvres et aux tiers de réutiliser le contenu JCB sous une licence Creative Commons .
  • Décembre 2008 : JCB lance Dataviewer
  • Janvier 2009 – septembre 2014 : Tom Misteli est rédacteur en chef.
  • Septembre 2010 – décembre 2014 : Elizabeth H. Williams est rédactrice en chef.
  • Octobre 2014 – mai 2015 : Alan Hall est rédacteur en chef.
  • Avril 2015 - Août 2019 : Rebecca Alvania est rédactrice en chef.
  • Août 2015 – aujourd'hui : Jodi Nunnari est rédacteur en chef.
  • Novembre 2019 - aujourd'hui : Tim Spencer est rédacteur en chef

Facteur d'impact

Selon le Journal Citation Reports , il a reçu un facteur d'impact 2020 de 10,539, le classant 28e sur 201 revues dans la catégorie "Cell Biology". En 2020, la demi-vie citée de la revue est de 14,4.

Accès en ligne

Journal of Cell Biology a été publié pour la première fois en ligne le 13 janvier 1997. Tout le contenu était gratuit pour le public au cours de cette première année de publication en ligne. En janvier 1998, tout le contenu de recherche primaire a été placé sous contrôle d'accès, mais tous les contenus d'actualités et de revues sont restés gratuits pour le public immédiatement après leur publication.

En janvier 2001, en réponse aux appels de la communauté des chercheurs à fournir un accès gratuit aux résultats de la recherche financée par des fonds publics, JCB a été l'une des premières revues à publier son contenu de recherche principal au public 6 mois après sa publication.

En juin 2003, tout le contenu de JCB à partir du volume 1, numéro 1, a été publié sur le site Web de JCB. Le contenu du dos est fourni gratuitement.

En novembre 2007, en prévision du mandat des National Institutes of Health sur l'accès du public aux résultats de la recherche financée par les NIH, JCB a commencé à déposer tout son contenu dans PubMed Central , où la version finale publiée est rendue publique 6 mois après publication.

Tout le contenu de JCB a toujours été gratuit en ligne dans 143 pays en développement.

Droits d'auteur et utilisation par des tiers

En juillet 2000, JCB a commencé à exploiter la puissance d'Internet pour promouvoir la diffusion de son contenu lorsqu'elle est devenue l'une des premières revues à permettre aux auteurs de publier le fichier pdf final publié de leurs articles sur leurs propres sites Web. Le 1er mai 2008, JCB a modifié sa politique traditionnelle en matière de droits d'auteur pour permettre aux auteurs de conserver les droits d'auteur sur leurs propres œuvres. Les auteurs peuvent faire tout ce qu'ils veulent avec leurs articles publiés, y compris à des fins commerciales. Dans le même temps, le contenu de JCB a été ouvert à l'utilisation par des tiers sous licence Creative Commons. La seule restriction à cette utilisation par des tiers est qu'ils ne peuvent pas créer un site miroir gratuit du contenu JCB dans les six premiers mois suivant la publication.

Intégrité des données

Origines de la projection d'images

En 2002, JCB a adopté un flux de production entièrement électronique. Cela signifie que tout le texte est soumis sous forme de fichiers de documents électroniques et que toutes les figures sont soumises sous forme de fichiers d'images électroniques. Lors du formatage des fichiers de figures pour un manuscrit accepté, Mike Rossner , qui était alors rédacteur en chef de JCB, a découvert un transfert Western dans lequel l'intensité d'une seule bande avait été sélectivement ajustée par rapport aux autres bandes.

Les données originales ont été obtenues auprès des auteurs, et il était évident que la manipulation affectait l'interprétation des données. L'acceptation éditoriale du manuscrit a été révoquée et JCB a immédiatement mis en place une politique visant à filtrer toutes les images de tous les articles acceptés afin de détecter toute preuve de manipulation d'image.

Directives pour le traitement des images numériques

En consultation avec des scientifiques en exercice du comité de rédaction, JCB a élaboré des directives pour le traitement des images numériques, qui ont été publiées pour la première fois en juin 2003. La version actuelle est disponible ici. Une discussion plus approfondie de ces directives et de l'éthique de la manipulation d'images a été publiée dans un article de fond dans le NIH Catalyst en mai 2004, intitulé "What's in a picture? The tentation of image manipulation." L'article a été réimprimé dans JCB en juillet 2004.

Données sur la manipulation des données

Au moment où il a institué le programme de dépistage d'images, JCB était unique en appliquant une approche systématique pour détecter la manipulation de données dans les manuscrits acceptés pour publication. Cette approche a fourni les premières données concrètes sur la fréquence et la gravité de la manipulation des données dans les publications de recherche biomédicale. Les éditeurs de JCB ont révoqué l'acceptation d'environ 1% des articles qui ont passé l'examen par les pairs parce qu'ils ont détecté une manipulation d'image qui a affecté l'interprétation des données. L'acceptation est révoquée si une conclusion d'un article est remise en question par la manipulation. 25% de tous les manuscrits acceptés ont au moins une figure qui doit être refaite en raison d'une manipulation "inappropriée", c'est-à-dire que la manipulation n'affecte pas l'interprétation des données, mais elle viole les directives du journal pour la présentation des données d'image.

Ces chiffres ont été rendus publics pour la première fois en novembre 2004, lors de la Conférence de recherche sur l'intégrité de la recherche organisée par le Bureau de l'intégrité de la recherche .

Publicité sur la manipulation et la projection d'images

Le programme de criblage d'images JCB a été rendu public dans un article de Nature en avril 2005, intitulé "CSI Cell Biology". Le jour de Noël 2005, le New York Times a publié un article montrant que la manipulation d'images faisait partie de la fraude scientifique perpétrée par Hwang Woo-Suk et ses collègues. Lorsqu'il est devenu évident que le programme de dépistage du JCB aurait détecté la manipulation de l'image avant sa publication, le New York Times a souligné le processus de JCB sur la page de couverture de sa section Science Times le 24 janvier 2006. Cela a sensibilisé le public et parmi d'autres acteurs biomédicaux. revues de la valeur potentielle du filtrage d'images par les éditeurs de revues, notamment :

De nombreuses revues ont adopté les directives de JCB sur la manipulation d'images dans leurs instructions aux auteurs, mais seules quelques-unes les appliquent en examinant intégralement toutes les images pour détecter les preuves de manipulation.

Réponse de l'Académie nationale des sciences (NAS)

En février 2006, les rédacteurs du JCB ont exprimé le besoin de normes approuvées par la communauté pour maintenir l'intégrité des données dans une lettre adressée au président de la National Academy of Sciences , Ralph Cicerone . La lettre, ainsi que les préoccupations ultérieures concernant les données numériques soulevées par d'autres éditeurs scientifiques, ont donné l'impulsion à une étude du Comité des sciences, de l'ingénierie et des politiques publiques (une unité conjointe du NAS, de la National Academy of Engineering et de l' Institute of Medicine ) pour examiner la question de l'intégrité des données. L'étude a été commandée en mai 2006.

Mike Rossner a présenté une conférence au Comité lors d'une réunion publique en avril 2007, au cours de laquelle il a décrit l'expérience de JCB et des autres revues Rockefeller University Press dans la manipulation de l'image. Il a noté qu'il devrait être de la responsabilité de la communauté de la recherche d'élaborer des normes d'intégrité des données, mais JCB a assumé ce rôle car de telles normes n'existaient pas lorsque JCB a été confronté au problème pour la première fois en 2002.

Le Comité a publié son rapport, intitulé "Ensuring the Integrity, Accessibility, and Stewardship of Research Data in the Digital Age, en juillet 2009. L'annonce du NAS citait spécifiquement JCB pour ses mesures proactives dans l'établissement de directives spécifiques pour" des moyens acceptables et inacceptables de images". Le rapport aborde le problème de l'intégrité des données du point de vue à la fois de la vérité et de l'exactitude dans l'acquisition et la communication des données, et du point de vue de l'accessibilité des données dans le temps. Il ne fournit aucune norme spécifique pour maintenir l'intégrité des données et aucune recommandation pour l'application ces normes une fois établies. Le rapport est arrivé à la conclusion générale que « les chercheurs eux-mêmes sont responsables d'assurer l'intégrité de leurs données de recherche ».

Innovations techniques

La norme RVB

JCB a été la première revue à adopter la « norme RGB » pour la reproduction d'images en couleur. Afin de maximiser la qualité de la reproduction des images en couleur, JCB a déclaré en janvier 2004 que la version en ligne de la revue est la « revue de référence », et les images seraient reproduites en ligne en utilisant les fichiers des auteurs dans le même schéma de couleurs (rouge, vert, bleu ) dans lequel ils sont acquis par des appareils photo numériques, et qui est utilisé pour les afficher sur un écran d'ordinateur.

Auparavant, il était demandé aux auteurs de convertir leurs fichiers RVB dans le schéma de couleurs CMJN nécessaire à l'impression sur papier, ce qui entraînait une perte substantielle de l'éclat de l'image. Ces fichiers CMJN ont ensuite été reconvertis en RVB par l'éditeur pour être publiés en ligne, ce qui a entraîné une deuxième modification des couleurs d'origine. L'avènement du flux de travail RVB a permis d'afficher les couleurs dans la publication en ligne exactement comme elles apparaissaient dans les fichiers originaux des auteurs.

Le visualiseur de données JCB

Le 1er décembre 2008, le JCB a lancé JCB DataViewer, la première application basée sur un navigateur permettant de visualiser des données d'images multidimensionnelles originales. Cette application a été construite en collaboration avec Glencoe Software à l'aide d'un moteur de gestion de données basé sur le logiciel OMERO développé par Open Microscopy Environment. Glencoe Software a également développé une application « Rollup » pour télécharger des fichiers d'images originaux vers le DataViewer. Le DataViewer prend en charge de nombreux types de fichiers propriétaires de divers microscopes et systèmes de documentation sur gel.

Cette application révolutionnaire permet aux auteurs JCB de présenter des données d'images multidimensionnelles telles qu'elles ont été acquises, leur donnant la possibilité de partager des données qui n'étaient pas possibles auparavant. Les lecteurs JCB peuvent voir les données originales prenant en charge un article publié, et ils peuvent interagir avec ces données en faisant défiler une pile az ou une pile d'images en accéléré. Les utilisateurs peuvent sélectionner des chaînes individuelles pour afficher ou afficher toutes les chaînes séparément sur le même écran. Ils peuvent également produire des tracés linéaires d'intensités de pixels le long de n'importe quel axe horizontal ou vertical.

Une mise à jour du logiciel en août 2012 permet à l'utilisateur de passer en douceur d'un grossissement de 1 millimètre à 1 micromètre d'images assemblées à partir de microscopes optiques et électroniques. À titre d'exemple, ils fournissent une image complète d'un embryon de poisson zèbre.

Les références

Liens externes