Chimère UCSF - UCSF Chimera
 Fenêtre principale de la chimère (FSH et récepteur, 1xwd) et fenêtre de séquence (alignement des récepteurs FSH de différentes espèces).
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| Développeur(s) | Ressource pour la bioinformatique, la visualisation et l'informatique (RBVI), UCSF |
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| Version stable | 1.14 / 12 novembre 2019
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| Système opérateur | Microsoft Windows , OS X , Linux |
| Taper | Modélisation moléculaire |
| Licence | Gratuit pour un usage non commercial |
| Site Internet | www |
UCSF Chimera (ou simplement Chimera ) est un programme extensible pour la visualisation et l'analyse interactives des structures moléculaires et des données associées, y compris les cartes de densité, les assemblages supramoléculaires, les alignements de séquences, les résultats d'amarrage, les trajectoires et les ensembles conformationnels . Des images et des films de haute qualité peuvent être créés. Chimera comprend une documentation complète et peut être téléchargé gratuitement pour une utilisation non commerciale.
Chimera est développé par la Resource for Biocomputing, Visualization, and Informatics (RBVI) de l' Université de Californie à San Francisco . Le développement est partiellement soutenu par les National Institutes of Health (subvention NIGMS P41-GM103311). Le programme de nouvelle génération est UCSF ChimeraX.
Analyse de la structure générale
- identification automatique de l'atome
- addition d'hydrogène et affectation de charge partielle
- Détection de liaison hydrogène , de contact et de collision de haute qualité
- mesures : distances, angles, surface, volume
- calcul des centroïdes, axes, plans et mesures associées
- amino - acides bibliothèques rotamères , protéines complot Ramachandran , la protéine carte de contact
- construction de la structure et rotation des liaisons
- lecture de trajectoire de dynamique moléculaire (plusieurs formats), tracés de distance et d'angle
- morphing entre les conformations d'une protéine ou même de différentes protéines
- affichage des attributs (facteur B, hydrophobie, etc.) avec couleurs, rayons, "vers"
- création facile d'attributs personnalisés avec de simples entrées de fichier texte
- Outil ViewDock pour faciliter la sélection interactive des résultats d'amarrage
- riche ensemble de commandes, puissante syntaxe de spécification
- nombreux formats lus, PDB et Mol2 écrits
- Web et récupération à partir de Protein Data Bank , CATH ou SCOP (domaines), EDS (cartes de densité), EMDB (cartes de densité), ModBase (modèles comparatifs), CASTp (mesures de poches de protéines), Pub3D (structures de petites molécules), VIPERdb (icosaédrique capsides de virus), UniProt (séquences protéiques avec annotations de caractéristiques), autres
- interfaces à pdb2pqr charge / assignation de rayon, APBS calculs électrostatique, AutoDock Vina mono-ligand accueil
Images et films de présentation
- images haute résolution
- effets visuels, y compris la profondeur, les ombres interactives, les contours de la silhouette, les arrière-plans multicolores
- représentations moléculaires standard (bâtons, sphères, rubans, surfaces moléculaires)
- tuyaux et planches pour hélices et torons; objets nucléotidiques, y compris les sucettes et les barreaux d'échelle
- ellipsoïdes pour montrer les facteurs B anisotropes
- objets géométriques non moléculaires
- rendus de cartes de densité et d'autres données de volume (voir ci-dessous)
- étiquetage avec texte, symboles, flèches, touches de couleur
- différentes structures peuvent être coupées différemment et à n'importe quel angle
- lancer de rayons en option avec POV-Ray fourni
- exportation de scène vers X3D et autres formats
- interface graphique simple pour créer des films de manière interactive
- les scènes peuvent être placées en tant qu'images clés le long d'une chronologie d'animation
- alternativement, le contenu du film et l'enregistrement peuvent être scénarisés ; riche ensemble de commandes associées
- l'enregistrement vidéo est intégré au morphing et à la lecture de trajectoire MD
Outils de données de volume
- de nombreux formats de cartes de données volumiques (densité électronique, potentiel électrostatique, autres) lues, plusieurs écrites
- réglage interactif des seuils, isosurfaces multiples (maille ou solide), rendus transparents
- ajustement des coordonnées atomiques aux cartes et des cartes aux cartes
- les cartes de densité peuvent être créées à partir de coordonnées atomiques
- les marqueurs peuvent être placés dans des cartes et connectés avec des chemins lisses
- affichage de plans de données individuels ou de plusieurs plans orthogonaux
- lecture et morphing de séries temporelles de données de volume
- de nombreux outils pour segmenter et éditer des cartes
- Lissage gaussien, transformée de Fourier, autres filtrages et normalisation
- mesures : aire de surface, volume clos de surface, symétrie cartographique, autres
Outils de structure de séquence
- de nombreux formats d' alignement de séquences lus, écrits
- les alignements de séquences peuvent être créés, édités
- les séquences s'associent automatiquement aux structures
- diaphonie séquence-structure : la mise en évidence dans l'une met en évidence l'autre
- recherche BLAST de protéines via un service Web
- alignement de séquences multiples via les services Web Clustal Omega et MUSCLE
- interfaces avec MODELLER pour la modélisation d'homologie et la construction de boucles
- superposition de structures avec ou sans alignement de séquences préexistant
- génération d'alignements de séquences basés sur la structure à partir de plusieurs superpositions
- plusieurs méthodes de calcul de conservation et d'affichage des valeurs sur les structures associées
- En-tête RMSD (histogramme au dessus des séquences) montrant la variabilité spatiale des structures associées
- en-têtes définis par l'utilisateur, y compris des histogrammes et des symboles colorés
- Annotations des fonctions UniProt et CDD affichées sous forme de cases colorées sur les séquences
- arbres au format Newick lus/affichés
Voir également
- Liste des systèmes graphiques moléculaires
- Modélisation moléculaire
- Graphiques moléculaires
- Dynamique moléculaire
- Éditeur de molécules
- Logiciel de modélisation en mécanique moléculaire