Liste des logiciels de bioinformatique open source - List of open-source bioinformatics software

Il s'agit d'une liste de logiciels conçus pour la bioinformatique et publiés sous des licences de logiciels open source avec des articles dans Wikipedia.

Logiciel La description Plate-forme Licence Développeur
.NET Bio Boîte à outils indépendante du langage conçue à l'aide de Microsoft 4.0 .NET Framework pour aider les développeurs, les chercheurs et les scientifiques .NET Framework Apache Projet collaboratif
AMPHORE Logiciel d'analyse métagénomique Linux GPL ?
Anduril Cadre de workflow basé sur des composants pour l'analyse des données Linux , macOS , Windows GPL Université d'Helsinki
Concepteur d'ascalaphes Programme informatique pour la modélisation moléculaire à usage général pour la conception et les simulations moléculaires. ? GPLv2 Molécule Agile
AutoDock Suite d'outils d'amarrage automatisés ? GPL ?
Avogadro Éditeur et visualiseur de molécules basé sur C++ ( Qt ) pour la chimie computationnelle, la modélisation moléculaire, la bioinformatique, la science des matériaux et les domaines connexes. ? GPL ?
BEDtools " Arithmétique du génome " -- manipulation d'ensembles de coordonnées et extraction de séquences à partir d'un fichier BED. Linux MIT QuinlanLab , Université de l'Utah
Bioclipse Plateforme visuelle pour la chimio - et la bioinformatique basée sur la plateforme client riche Eclipse (RCP) ? Éclipse publique Le projet Bioclipse
Bioconducteur Boîte à outils du langage R (langage de programmation) Linux , macOS , Windows Artistique 2.0 Centre de recherche sur le cancer Fred Hutchinson
BioJava Fonctions de bibliothèque Java pour la manipulation de séquences, de structures de protéines, d'analyseurs de fichiers, d'interopérabilité CORBA, de système d'annotation distribué (DAS), d'accès à AceDB, de programmation dynamique et de routines statistiques simples Linux , macOS , Windows LGPL v2.1 Fondation ouverte de bioinformatique
BioJS Bibliothèque JavaScript de composants pour visualiser des données biologiques Navigateur Web Apache ?
BioMOBY Registre des services Web Navigateur Web Artistique Fondation ouverte de bioinformatique
BioPerl Boîte à outils du langage Perl Multiplateforme Artistique , GPL Fondation ouverte de bioinformatique
BioPHP Boîte à outils de langage PHP avec des cours pour l'analyse de séquences d'ADN et de protéines, l'alignement, l'analyse de bases de données et d'autres outils bioinformatiques Multiplateforme GPL v2 Fondation ouverte de bioinformatique
Biopython Boîte à outils du langage Python Multiplateforme Biopython Fondation ouverte de bioinformatique
BioRuby Boîte à outils du langage Ruby ? GPL v2 ou Ruby Fondation ouverte de bioinformatique
DÉTRUIRE Algorithme et programme de comparaison d'informations sur les séquences biologiques primaires, y compris les séquences d'ADN et de protéines. Multiplateforme Domaine public Centre national d'information sur la biotechnologie
CP2K Effectuer des simulations atomistiques de systèmes à l'état solide, liquide, moléculaire et biologique, écrites en Fortran 2003. ? GPL et LGPL Open source libre GNU GPLv2 ou version ultérieure
GAUFRER Suite de packages pour le séquençage, la recherche, etc. écrits en C ? GPL et LGPL Projet collaboratif
Galaxie Workflow scientifique et système d' intégration de données Unix-like Académique Gratuit Projet collaboratif
GenePattern Système de workflow scientifique qui donne accès à des centaines d'outils d'analyse génomique Unix-like (serveur public) ; Linux , macOS , Windows MIT Institut large , UC San Diego
Geworkbench Plateforme d' intégration de données génomiques Linux , macOS , Windows Licence GeWorkbench Université Columbia
GMOD Boîte à outils pour relever de nombreux défis communs aux bases de données biologiques Unix-like (serveur), navigateur Web (client) Varie selon l'outil Projet collaboratif
GenGIS Application qui permet de combiner des données cartographiques numériques avec des informations sur des séquences biologiques collectées dans l'environnement Windows , macOS GPL Projet collaboratif
Génomespace Application Web centralisée qui fournit des transformations de format de données et facilite les connexions avec d'autres outils bioinformatiques Navigateur Web LGPL Institut Large , projet collaboratif
Doux Un équivalent au propriétaire Vector NTI , un outil pour analyser et éditer des fichiers de séquences d' ADN ? GPL Magnus Manske
GROMACS Package de dynamique moléculaire principalement conçu pour les simulations de protéines, de lipides et d'acides nucléiques. Linux , macOS , Windows Commun Public 1.0 GenoViz
Navigateur de génome intégré Navigateur de génome de bureau basé sur Java Linux , macOS , Windows Commun Public 1.0 GenoViz
InterMine Système d'entrepôt de données étendu pour l'analyse et l'intégration d'ensembles de données biologiques écrits en Java et JavaScript Multiplateforme LGPL Université de Cambridge
Serveur LabKey Plateforme logicielle permettant aux organisations d'intégrer, d'analyser et de partager des données biomédicales complexes Linux , macOS , Windows Apache Fondation du logiciel LabKey
LAMPES Programme de dynamique moléculaire écrit en C++ Linux , macOS , Windows Apache Laboratoires nationaux de Sandia.
mothur Logiciel pour l' analyse de l' ARNr 16S gène Linux , macOS , Windows ? Université du Michigan
CheminVisio Logiciel de bureau pour dessiner, analyser et visualiser les voies biologiques Linux , macOS , Windows Apache 2.0 Université de Maastricht
Orange Suite logicielle d' exploration de données et d' apprentissage automatique basée sur des composants écrite en C++, dotée d'une interface de programmation visuelle pour l'analyse exploratoire des données et la visualisation interactive , ainsi que des liaisons et des bibliothèques Python pour les scripts Linux , macOS , Windows GPL Université de Ljubljana
SAMtools Utilitaires pour interagir avec les données de séquençage à haut débit et les alignements au format sam/bam Unix / Linux MIT Projet collaboratif
Suite SAVON Suite d'outils pour l'assemblage, l'alignement et l'analyse de données de séquençage de nouvelle génération à lecture courte Unix / Linux , macOS GPL BGI
Forfait Staden Assemblage, édition et analyse de séquences, principalement composées de gap4, gap5 et spin. Écrit en C, C++, Fortran et Tcl. Linux , macOS , Windows BSD Wellcome Trust Sanger Institute , Conseil de recherches médicales
Etabli de taverne Outil pour concevoir et exécuter des workflows Linux , macOS , Windows LGPL maGrille
UGÈNE Outils bioinformatiques intégrés, écrits en C++ ( Qt ) Linux , macOS , Windows GPL 2 Unipro
Incontournable Analyse de la biodiversité métaprotéomique écrite en Ruby et JavaScript Navigateur Web MIT Université de Gand
VOTCA Un package de modélisation à grain grossier pour la dynamique moléculaire, écrit en C++, Perl, BASH Linux , macOS , Windows , toute autre variété Unix Licence Apache 2.0 Institut Max Planck pour la recherche sur les polymères

Voir également

Les références

Liens externes