Liste des logiciels de bioinformatique open source - List of open-source bioinformatics software
Il s'agit d'une liste de logiciels conçus pour la bioinformatique et publiés sous des licences de logiciels open source avec des articles dans Wikipedia.
Logiciel | La description | Plate-forme | Licence | Développeur |
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.NET Bio | Boîte à outils indépendante du langage conçue à l'aide de Microsoft 4.0 .NET Framework pour aider les développeurs, les chercheurs et les scientifiques | .NET Framework | Apache | Projet collaboratif |
AMPHORE | Logiciel d'analyse métagénomique | Linux | GPL | ? |
Anduril | Cadre de workflow basé sur des composants pour l'analyse des données | Linux , macOS , Windows | GPL | Université d'Helsinki |
Concepteur d'ascalaphes | Programme informatique pour la modélisation moléculaire à usage général pour la conception et les simulations moléculaires. | ? | GPLv2 | Molécule Agile |
AutoDock | Suite d'outils d'amarrage automatisés | ? | GPL | ? |
Avogadro | Éditeur et visualiseur de molécules basé sur C++ ( Qt ) pour la chimie computationnelle, la modélisation moléculaire, la bioinformatique, la science des matériaux et les domaines connexes. | ? | GPL | ? |
BEDtools | " Arithmétique du génome " -- manipulation d'ensembles de coordonnées et extraction de séquences à partir d'un fichier BED. | Linux | MIT | QuinlanLab , Université de l'Utah |
Bioclipse | Plateforme visuelle pour la chimio - et la bioinformatique basée sur la plateforme client riche Eclipse (RCP) | ? | Éclipse publique | Le projet Bioclipse |
Bioconducteur | Boîte à outils du langage R (langage de programmation) | Linux , macOS , Windows | Artistique 2.0 | Centre de recherche sur le cancer Fred Hutchinson |
BioJava | Fonctions de bibliothèque Java pour la manipulation de séquences, de structures de protéines, d'analyseurs de fichiers, d'interopérabilité CORBA, de système d'annotation distribué (DAS), d'accès à AceDB, de programmation dynamique et de routines statistiques simples | Linux , macOS , Windows | LGPL v2.1 | Fondation ouverte de bioinformatique |
BioJS | Bibliothèque JavaScript de composants pour visualiser des données biologiques | Navigateur Web | Apache | ? |
BioMOBY | Registre des services Web | Navigateur Web | Artistique | Fondation ouverte de bioinformatique |
BioPerl | Boîte à outils du langage Perl | Multiplateforme | Artistique , GPL | Fondation ouverte de bioinformatique |
BioPHP | Boîte à outils de langage PHP avec des cours pour l'analyse de séquences d'ADN et de protéines, l'alignement, l'analyse de bases de données et d'autres outils bioinformatiques | Multiplateforme | GPL v2 | Fondation ouverte de bioinformatique |
Biopython | Boîte à outils du langage Python | Multiplateforme | Biopython | Fondation ouverte de bioinformatique |
BioRuby | Boîte à outils du langage Ruby | ? | GPL v2 ou Ruby | Fondation ouverte de bioinformatique |
DÉTRUIRE | Algorithme et programme de comparaison d'informations sur les séquences biologiques primaires, y compris les séquences d'ADN et de protéines. | Multiplateforme | Domaine public | Centre national d'information sur la biotechnologie |
CP2K | Effectuer des simulations atomistiques de systèmes à l'état solide, liquide, moléculaire et biologique, écrites en Fortran 2003. | ? | GPL et LGPL | Open source libre GNU GPLv2 ou version ultérieure |
GAUFRER | Suite de packages pour le séquençage, la recherche, etc. écrits en C | ? | GPL et LGPL | Projet collaboratif |
Galaxie | Workflow scientifique et système d' intégration de données | Unix-like | Académique Gratuit | Projet collaboratif |
GenePattern | Système de workflow scientifique qui donne accès à des centaines d'outils d'analyse génomique | Unix-like (serveur public) ; Linux , macOS , Windows | MIT | Institut large , UC San Diego |
Geworkbench | Plateforme d' intégration de données génomiques | Linux , macOS , Windows | Licence GeWorkbench | Université Columbia |
GMOD | Boîte à outils pour relever de nombreux défis communs aux bases de données biologiques | Unix-like (serveur), navigateur Web (client) | Varie selon l'outil | Projet collaboratif |
GenGIS | Application qui permet de combiner des données cartographiques numériques avec des informations sur des séquences biologiques collectées dans l'environnement | Windows , macOS | GPL | Projet collaboratif |
Génomespace | Application Web centralisée qui fournit des transformations de format de données et facilite les connexions avec d'autres outils bioinformatiques | Navigateur Web | LGPL | Institut Large , projet collaboratif |
Doux | Un équivalent au propriétaire Vector NTI , un outil pour analyser et éditer des fichiers de séquences d' ADN | ? | GPL | Magnus Manske |
GROMACS | Package de dynamique moléculaire principalement conçu pour les simulations de protéines, de lipides et d'acides nucléiques. | Linux , macOS , Windows | Commun Public 1.0 | GenoViz |
Navigateur de génome intégré | Navigateur de génome de bureau basé sur Java | Linux , macOS , Windows | Commun Public 1.0 | GenoViz |
InterMine | Système d'entrepôt de données étendu pour l'analyse et l'intégration d'ensembles de données biologiques écrits en Java et JavaScript | Multiplateforme | LGPL | Université de Cambridge |
Serveur LabKey | Plateforme logicielle permettant aux organisations d'intégrer, d'analyser et de partager des données biomédicales complexes | Linux , macOS , Windows | Apache | Fondation du logiciel LabKey |
LAMPES | Programme de dynamique moléculaire écrit en C++ | Linux , macOS , Windows | Apache | Laboratoires nationaux de Sandia. |
mothur | Logiciel pour l' analyse de l' ARNr 16S gène | Linux , macOS , Windows | ? | Université du Michigan |
CheminVisio | Logiciel de bureau pour dessiner, analyser et visualiser les voies biologiques | Linux , macOS , Windows | Apache 2.0 | Université de Maastricht |
Orange | Suite logicielle d' exploration de données et d' apprentissage automatique basée sur des composants écrite en C++, dotée d'une interface de programmation visuelle pour l'analyse exploratoire des données et la visualisation interactive , ainsi que des liaisons et des bibliothèques Python pour les scripts | Linux , macOS , Windows | GPL | Université de Ljubljana |
SAMtools | Utilitaires pour interagir avec les données de séquençage à haut débit et les alignements au format sam/bam | Unix / Linux | MIT | Projet collaboratif |
Suite SAVON | Suite d'outils pour l'assemblage, l'alignement et l'analyse de données de séquençage de nouvelle génération à lecture courte | Unix / Linux , macOS | GPL | BGI |
Forfait Staden | Assemblage, édition et analyse de séquences, principalement composées de gap4, gap5 et spin. Écrit en C, C++, Fortran et Tcl. | Linux , macOS , Windows | BSD | Wellcome Trust Sanger Institute , Conseil de recherches médicales |
Etabli de taverne | Outil pour concevoir et exécuter des workflows | Linux , macOS , Windows | LGPL | maGrille |
UGÈNE | Outils bioinformatiques intégrés, écrits en C++ ( Qt ) | Linux , macOS , Windows | GPL 2 | Unipro |
Incontournable | Analyse de la biodiversité métaprotéomique écrite en Ruby et JavaScript | Navigateur Web | MIT | Université de Gand |
VOTCA | Un package de modélisation à grain grossier pour la dynamique moléculaire, écrit en C++, Perl, BASH | Linux , macOS , Windows , toute autre variété Unix | Licence Apache 2.0 | Institut Max Planck pour la recherche sur les polymères |
Voir également
- Liste des logiciels d'alignement de séquences
- Liste des logiciels de santé open source
- Liste des logiciels de cybernétique biomédicale
- Liste des logiciels de santé gratuits
- Liste des logiciels de génie génétique
- Liste des systèmes graphiques moléculaires
- Comparatif de logiciels de modélisation en mécanique moléculaire
- Liste des logiciels propriétaires de bioinformatique