PyMOL - PyMOL
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 Une instance PyMOL, avec la visionneuse et l'interface graphique visibles.
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| Auteur(s) original(aux) | Warren Lyford DeLano |
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| Développeur(s) | Schrödinger, Inc. |
| Première version | 2000 |
| Version stable | 2.5.2 / 20 août 2021
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| Dépôt | |
| Écrit en | C , C++ , Python |
| Système opérateur | Multi-plateforme : macOS , Unix , Linux , de Windows |
| Plate-forme | IA-32 , x86-64 |
| Disponible en | Anglais |
| Taper | Modélisation moléculaire |
| Licence | Python |
| Site Internet | pymol |
PyMOL est un système de visualisation moléculaire open source créé par Warren Lyford DeLano . Il a été commercialisé initialement par DeLano Scientific LLC, qui était une société de logiciels privée dédiée à la création d'outils utiles qui deviennent universellement accessibles aux communautés scientifiques et éducatives. Il est actuellement commercialisé par Schrödinger, Inc . PyMOL peut produire des images 3D de haute qualité de petites molécules et de macromolécules biologiques , telles que des protéines . Selon l'auteur original, en 2009, près d'un quart de toutes les images publiées de structures de protéines 3D dans la littérature scientifique étaient réalisées à l'aide de PyMOL.
PyMOL est l'un des rares outils de visualisation de modèles open source disponibles pour une utilisation en biologie structurelle . La partie Py du nom du logiciel fait référence au programme ayant été écrit dans le langage de programmation Python .
PyMOL utilise la bibliothèque OpenGL Extension Wrangler (GLEW) et FreeGLUT et peut résoudre les équations de Poisson-Boltzmann à l'aide du solveur adaptatif de Poisson Boltzmann. PyMOL utilisait Tk pour les widgets de l' interface graphique et disposait de binaires Aqua natifs pour macOS via Schrödinger , qui ont été remplacés par une interface utilisateur PyQt sur toutes les plateformes avec la sortie de la version 2.0.
Histoire et commercialisation
Les premières versions de PyMol ont été publiées sous la licence Python . Le 1er août 2006, DeLano Scientific a adopté un système de téléchargement à accès contrôlé pour les versions PyMOL précompilées (y compris les versions bêta) distribuées par la société. L'accès à ces exécutables est désormais limité aux utilisateurs enregistrés qui sont des clients payants ; des constructions éducatives sont disponibles gratuitement pour les étudiants et les enseignants. Cependant, la plupart du code source actuel continue d'être disponible gratuitement, tout comme les anciennes versions précompilées. Alors que les systèmes de génération pour d'autres plates-formes sont ouverts, le système de génération de l' API Windows (WinAPI, Win32) ne l'est pas, bien que des binaires Windows non officiels soient disponibles en ligne. N'importe qui peut soit compiler un exécutable à partir du code source sous licence Python, soit payer un abonnement aux services d'assistance pour accéder aux exécutables précompilés.
Le 8 janvier 2010, Schrödinger, Inc. a conclu un accord pour acquérir PyMOL. La société a pris en charge le développement, la maintenance, le support et la vente de PyMOL, y compris tous les abonnements alors valides. Ils continuent également à soutenir activement la communauté open source PyMOL. En 2017, Schrödinger a réorganisé le système de distribution pour unifier l'interface utilisateur sous Qt et la gestion des packages sous Anaconda , et l'a publié sous le nom de PyMol v2. Cette version restreint certaines nouvelles fonctionnalités et ajoute un filigrane à la visualisation si elle est utilisée sans licence au-delà de la période d'essai de 30 jours ; la politique de licence globale est similaire au système DeLano. Le code source reste en grande partie disponible, cette fois sous une licence de type BSD. Comme pour la distribution précédente, des binaires Windows non officiels au format wheel sont disponibles et, en effet, les distributions Linux continuent de fournir leurs propres versions du code open source.
Couleurs des éléments
PyMOL applique la coloration des billes par élément.
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Galerie
Exemple de certaines fonctionnalités d'édition de molécules de PyMOL, rotation des liaisons dièdres et relaxation moléculaire interactive avec le mode Sculpting . Ce sont des fonctionnalités utiles pour préparer la géométrie d'entrée pour le logiciel de chimie quantique
La même structure protéique ( protéase TEV - PDB : 1LVB ) rendue dans différents modes. Bande dessinée standard, surface, découpe de la surface, barils en surbrillance, type « QuteMol », type « Goodsell », surface brillante et mastic de facteur b .
Voir également
- Comparatif de logiciels de modélisation en mécanique moléculaire
- Liste des systèmes graphiques moléculaires
- Modélisation moléculaire
- Ormeau
- Gabedit
- Molde
- Molekel
- RasMol
- SAMSON
- Chimère UCSF
- Liste des progiciels gratuits et open source